Veröffentlicht am: May 27, 2022
Wir freuen uns, heute ankündigen zu können, dass Amazon Genomics CLI v1.5.0 den Support für Workflows bietet, die in Common Workflow Language (CWL) mit der Toil-Workflow-Engine geschrieben wurden. Zusätzlich zur CWL unterstützt die Amazon Genomics CLI Workflows, die mit Workflow Definition Language (WDL), Nextflow und Snakemake geschrieben wurden. Dies ermöglicht Kunden, eine Vielzahl von genomischen Datenanalysen durchzuführen, wie z. B. das gemeinsame Aufrufen von Genomvarianten und Einzelzell-RNAseq.
Die Amazon Genomics CLI vereinfacht und automatisiert die Bereitstellung von Cloud-Ressourcen wie Workflow-Engines und Computing-Clustern und bietet Kunden aus den Bereichen der Genomik und der Biowissenschaften eine einfach zu bedienende Befehlszeile für die schnelle Einrichtung und Ausführung von Genomik-Workflows auf Amazon Web Services (AWS).
Die Common Workflow Language ist ein offener Standard für die Beschreibung der Ausführung von Befehlszeilen-Tools und deren Verbindung zur Erstellung von Workflows. Die mit CWL beschriebenen Tools und Workflows sind auf eine Vielzahl von Plattformen übertragbar. Dadurch wird die Skalierung der Workflows von komplexer Datenanalyse und Maschine-Learning von einem einzelnen Laptop zu den Cloud-Computing-Umgebungen erleichtert. Toil ist ein skalierbares, leistungsstarkes, plattformübergreifendes Pipeline-Verwaltungssystem, das von dem University of California Santa Cruz Genomics Institute (UCSC-GI) entwickelt wurde und vollständigen Support für CWL v1.2 bietet. Dank eines Open-Source-Beitrags des Toil-Teams am UCSC-GI können Sie Toil jetzt schnell in Ihrem AWS-Konto als Amazon-Genomics-CLI-Kontext bereitstellen, um CWL-Workflows auszuführen. Wie andere Kontexte, die von der Amazon Genomics CLI verwendet werden, verwendet Toil AWS Batch für das Computing, wobei eine optimale Auftragsplatzierung und Nutzung von On-Demand- oder Spot Instances von Amazon EC2 erfolgt.
Diese Version bietet auch die Möglichkeit, bestimmte VPC-Subnetze zu konfigurieren, die bei der Bereitstellung Ihrer eigenen VPC während der Kontoaktivierung verwendet werden sollen, sowie ein benutzerdefiniertes AMI für die Verwendung in Kontexten anzugeben. Diese Verbesserungen helfen Kunden bei der Verwendung von Amazon Genomics CLI in AWS-Umgebungen, die die Verwendung von gehärteten AMIs erfordern und einzigartige Netzwerktopologien haben.
Weitere Informationen und erste Schritte zu Amazon Genomics CLI finden Sie unter: