Übersicht

AWS HealthOmics unterstützt Kunden dabei, wissenschaftliche Durchbrüche mit einer vollständig verwalteten Infrastruktur für Bioinformatik und Wirkstoffforschung zu beschleunigen, die darauf ausgelegt ist, Workflows und Speicher in großem Umfang abzuwickeln. Mit HealthOmics zahlen Sie nur für das, was Sie nutzen, und es fallen keine HealthOmics-Lizenzkosten an.

HealthOmics bietet zwei Arten von Workflows. Private Workflows sind benutzerdefinierte Workflows, die es Ihnen ermöglichen, Ihre eigenen Bioinformatik-Skripte mitzubringen, die in den am häufigsten verwendeten Workflow-Sprachen geschrieben sind. Die Preise für private Workflows basieren auf den Rechen- und Dateisystemressourcen, die für jede Ausführung angefordert werden. Ready2Run-Workflows sind vorgefertigte Bioinformatik-Pipelines, die auf gängigen Branchenanalysen basieren. Sie zahlen einen festen Preis pro Ausführung.

HealthOmics bietet zwei Arten von Speichern an. Referenz- und Sequenzspeicher sind Datenspeicher für Objekte, die Tiering, Komprimierung und Metadatenkatalogisierung verwenden, um eine kostengünstige Speicherung und Organisation von Bioinformatik-Daten zu ermöglichen. Die Preisgestaltung basiert auf der gespeicherten Objektgröße und der Datenschicht. Varianten- und Annotationsspeicher sind Null-ETL-Speicher, die Schlüsseldaten aus Bioinformatik-Daten extrahieren, um einen Data Lake zu erstellen, der für die Suche und Kohortenerstellung optimiert ist. Die Preisgestaltung basiert auf der Speichergröße der extrahierten Informationen.

Sie können Workflows und Datenspeicher je nach Bedarf zusammen oder getrennt verwenden. Wenn Sie bereit sind, eine Nutzungsverpflichtung für drei oder fünf Jahre einzugehen, kontaktieren Sie uns bitte für ermäßigte Preise.

Preise nach Typ erkunden

Mit AWS HealthOmics zahlen Sie nur für das, was Sie nutzen. Erkunden Sie unten die Preise nach Typen.

Kostenloses Kontingent

Im Rahmen des kostenlosen AWS-Kontingents können Sie AWS HealthOmics zum Einstieg kostenlos verwenden. Bei der Registrierung erhalten AWS-Neukunden bis zu 275 omics.m.xlarge (oder gleichwertig) Instance-Stunden und 49 000 Gigabyte-Stunden Ausführungsspeicher für die Ausführung privater Workflows, 1 500 Gigabase-Monate aktiven Speicher und Archivspeicher im Sequenzspeicher sowie 200 Gigabyte-Monate Speicher im Variantenspeicher. Ihre Nutzung des kostenlosen Kontingents wird jeden Monat für alle Regionen (außer AWS GovCloud (USA)) berechnet und automatisch auf die Rechnung angewandt. Nicht genutzter monatlicher Verbrauch wird nicht übertragen. Es gelten Einschränkungen; weitere Details finden Sie in den Bedingungen.

 

Nutzung eines kostenlosen Kontingents pro Monat für die ersten 2 Monate
HealthOmics-Workflows

Private Workflows: 275 omics.m.xlarge-Instance-Stunden oder gleichwertige Datenverarbeitungs-Instances und 49 000 GB-Stunden Ausführungsspeicher
HealthOmics-Datenspeicher Sequenzspeicher: 1 500 Gigabase-Monate in der aktiven Speicherklasse und 1 500 Gigabase-Monate in der Archivspeicherklasse

Variantenspeicher: 200 Gigabyte-Monate

AWS-Kunden erhalten jeden Monat 100 GB kostenlose Datenübertragung ins Internet, zusammengefasst über alle AWS-Services und -Regionen (außer China und GovCloud).

Preise für private Workflows

Private Workflows sind benutzerdefinierte Workflows, die Sie auf der Grundlage Ihrer bevorzugten Workflow-Sprache für den Betrieb von Bioinformatik- oder Arzneimittelforschungs-Pipelines definieren. Es fallen zwei Komponenten an: Workflow-Task-Instances und Ausführungsspeicher.

Die Omics-Instance, die für jede Aufgabe in Ihrem Workflow verwendet wird, wird Ihnen in Rechnung gestellt. Jede Aufgabe in Ihrem Workflow wird der kleinsten verfügbaren Omics-Instance zugeordnet, die die für die Aufgabe angeforderten vCPUs, Speicher und/oder GPUs erfüllt. So wird beispielsweise eine Aufgabe, die für die Verwendung von 8 CPUs und 60 GiB RAM definiert ist, für die Ausführung dem Instance-Typ omics.r.2xlarge zugeordnet. HealthOmics stellt immer genau die angeforderten Ressourcen zur Verfügung. In diesem Beispiel stehen 8 CPUs und 60 GiB RAM für die Aufgabe zur Verfügung. Aufgaben werden in Schritten von 1 Sekunde in Rechnung gestellt. Es gibt jedoch einen Mindestschwellenwert für die Abrechnung von 60 Sekunden pro Aufgabe. Falls Sie keine vCPUs oder keinen Arbeitsspeicher für eine Aufgabe angeben, stellt HealthOmics automatisch den kleinsten verfügbaren Instance-Typ, omics.c.large, für diese Aufgaben bereit. Außerdem werden Ihnen keine Kosten für die mit der Datenbereitstellung verbundene Datenverarbeitung (d. h. Importe und Exporte) in Rechnung gestellt und es fallen keine AZ-übergreifenden Gebühren an.

Ihnen werden nur Ressourcen in Rechnung gestellt, während die Ausführung den Status Wird ausgeführt aufweist. Für Ausführungen im Status „ausstehend“, „starten“ oder „beenden“ fallen keine Gebühren an. Bei abgebrochenen oder fehlgeschlagenen Ausführungen werden Ihnen alle Ressourcen in Rechnung gestellt, die bis zum Zeitpunkt des Abbruchs oder des Fehlers verbraucht wurden.

Sie können Ihre Gesamtsumme Kosten pro Ausführung in der Fakturierungs- und Kostenmanagement-Konsole einsehen. HealthOmics bietet auch ein Open-Source-Run-Analyzer-Tool, das Ihnen hilft, Ausführungsressourcen, Kosten und Leistung zu optimieren. Wenn Sie planen, Produktions-Workflows in großem Maßstab auszuführen, und bereit sind, eine Nutzungsverpflichtung von drei oder fünf Jahren einzugehen, kontaktieren Sie uns bitte für vergünstigte Preise.

 

Ausführungsspeicher

HealthOmics stellt für jeden Lauf ein temporäres gemeinsames Dateisystem zur Verfügung, das Workflow-Eingaben, -Ausgaben, Arbeitsverzeichnisse und Zwischendateien speichert, auf die alle Aufgaben innerhalb einer Ausführung zugreifen können. Standardmäßig bietet HealthOmics ein dynamisches Dateisystem, das automatisch skaliert. Dynamischer Ausführungsspeicher skaliert mit der Nutzung und erfordert keine Mindestanforderung an die Speicherbereitstellung. Sie können auch ein vorab bereitgestelltes (statisches) Dateisystem mit höherem Durchsatz für große, stoßweise anfallende Workloads mit hoher Aufgabenparallelität wählen. Static-Run-Speicher kann in Größen von 1 200 GiB, 2 400 GiB und weiteren Schritten von 2 400 GiB bereitgestellt werden, wobei die Mindestgröße 1 200 GiB beträgt.

Flüchtiger Speicher

HealthOmics bietet für jede Workflow-Aufgabe einen temporären Speicher für die Verarbeitung von Scratch-Daten auf lokalen Datenträgern anstelle von gemeinsam genutztem Ausführungsspeicher. Der Preis des flüchtigen Speichers hängt von der Menge an flüchtigem Speicher ab, die Sie Ihren Workflow-Aufgaben zuweisen, und der in Sekunden gemessenen Ausführungsdauer dieser Aufgaben. 16 GiB temporärer Speicher stehen für alle HealthOmics-Aufgaben ohne zusätzliche Kosten zur Verfügung. Sie können Ihren Workflow-Aufgaben zusätzlichen temporären Speicher zuweisen, bis zu 3 072 GiB. Sie zahlen nur für den zusätzlichen flüchtigen Speicher, den Sie konfigurieren.

Ready2Run-Workflows – Preise

Ready2Run-Workflows umfassen vorkonfigurierte Workflows, die von branchenführenden Drittanbieter-Softwareunternehmen wie NVIDIA, Sentieon, Element Biosciences und Ultima entwickelt wurden, sowie gängige Open-Source-Pipelines wie die GATK-Workflows des Broad Institute und AlphaFold zur Vorhersage der Proteinstruktur. Sie können einfach Ready2Run-Workflows verwenden, um Ihre Daten zu verarbeiten, ohne die Software-Tools oder Workflow-Skripts verwalten zu müssen. Ready2Run-Workflows werden pro Ausführung verrechnet, und Ihnen wird dieselbe Pauschalgebühr berechnet, wenn die Ausführungen erfolgreich abgeschlossen werden, unabhängig von der Laufzeit. Wenn die Ausführung abgebrochen wird oder nicht innerhalb der ersten Stunde erfolgreich abgeschlossen werden kann, wird die Gebühr pro Ausführung auf der Grundlage der ersten Nutzungsstunde anteilig berechnet. Ausführungen, die länger als 1 Stunde dauern, werden mit dem vollen Preis der Ausführung in Rechnung gestellt. Sentieon-Ready2Run-Workflows erfordern ein separates Abonnement, das bei Sentieon erworben wurde. Ein kostenloses zweiwöchiges Testabonnement wird von Sentieon automatisch ohne zusätzliche Kosten für Erstbenutzer von Sentieon Ready2Run zur Verfügung gestellt. Detaillierte Informationen zu den verfügbaren Ready2Run-Workflows, einschließlich Eingabeparametern, Workflow-Diagrammen und geschätzten Laufzeiten, finden Sie in der HealthOmics-Konsole.

Preise für Datenspeicher

Die HealthOmics-Datenspeicher sind verwaltete, auffindbare, zugängliche, interoperable und wiederverwendbare (FAIR) Speicher für umfangreiche Probendaten mit automatischer Datenkomprimierung und optimierter Varianten-/Annotationsabfragbarkeit.

Der Sequenzspeicher sorgt durch nutzungsorientiertes Tiering und Komprimierung für Kosteneinsparungen. Gespeicherte Objekte sind aus Gründen der Organisation und Auffindbarkeit unter Lesesätzen gruppiert. Wenn Sie Daten im Sequenzspeicher speichern, zahlen Sie pro Gigabase pro Monat. Eine Gigabase ist eine Milliarde Basen aus Ihren importierten Sequenzdateien (wie FASTQ, BAM und CRAM). Sie zahlen pro gespeicherter Gigabase, sodass Sie sich keine Gedanken über optimale Dateiformate oder Komprimierungstechniken machen müssen. AWS HealthOmics optimiert dies für Sie. Auf Daten im Sequenzspeicher kann auf zwei Arten zugegriffen werden: 1/ Über HealthOmics-APIs zum Lesen, Schreiben und Aktualisieren sowie durch Lesen über S3-APIs. Für den Zugriff über HealthOmics-APIs zahlen Sie für GET-Anfragen an Ihre Lesesatzobjekte. Alle anderen HealthOmics-Anfragetypen in Lesesätzen sind kostenlos. 2/ Über S3-APIs zum Auflisten und Abrufen. Für den Zugriff über S3-APIs werden COPY- und LIST-Anfragen getrennt von allen anderen Anforderungstypen in Rechnung gestellt. In unserem Blog erfahren Sie, wie die Kosten für den HealthOmics Sequence Store im Vergleich zu alternativen Speicheroptionen abschneiden: https://aws.amazon.com/blogs/industries/store-omics-data-cost-effectively-at-any-scale-with-aws-healthomics/

Die Varianten- und Annotationsspeicher verwenden Zero-ETL, um Varianten- und Annotationsdaten für Abfragen, Kohortierungen und Analysen mit AWS-Services wie Amazon Athena und Amazon SageMaker vorzubereiten. Aufgenommene Dateien werden von HealthOmics verarbeitet und in abfrageoptimierte Formate umgewandelt. Sie können eine beliebige Menge an Varianten- und Annotationsdaten speichern und zahlen nur für das, was gespeichert wird. Die in Rechnung gestellte Datengröße ist definiert als die Größe der Daten nach der Aufnahme und Transformation. Auf die Daten im Varianten- und Annotationsspeicher wird in der Regel über andere AWS-Services zugegriffen. Wenn Sie die Daten in anderen Services abfragen und analysieren, zahlen Sie für die Nutzung dieser Services.

Die in AWS-HealthOmics-Datenspeichern gespeicherten Daten werden für eine Mindestspeicherdauer von 30 Tagen berechnet. Für Daten, die vor Ablauf von 30 Tagen gelöscht werden, fällt eine anteilige Gebühr in Höhe der Speichergebühr für die verbleibenden Tage an. 

Preisbeispiele

  • Eine Bioinformatikerin möchte einen Nextflow-Workflow in AWS-HealthOmics-Workflows in der Region USA Ost (Nord-Virginia) ausführen. Sie hat drei Aufgaben im Workflow. Die erste reserviert 16 vCPUs und 30 GB Arbeitsspeicher und dauert 3 Stunden. Die zweite erfordert 32 vCPUs und 160 GB Arbeitsspeicher und dauert 2 Stunden. Die dritte reserviert 4 vCPU und 10 GB Speicher und ihre Ausführung dauert 10 Minuten. Der Kunde registriert den Workflow und ruft die StartRun-API mit dem Standard-Dateisystem von 1 200 GB auf. Ihre Gesamtkosten betragen:
    Aufgabe 1 (omics.c.4xlarge): 0,9180 USD/Std. * 3 Std. = 2,754 USD
    Aufgabe 2 (omics.r.8xlarge): 2,7216 USD/Std. * 2 Std. = 5,4432 USD
    Aufgabe 3 (omics.m.xlarge): 0,2592 USD/Std. * 1/6 Std. = 0,0432 USD
    Statischer Ausführungsspeicher: Speicher: 0,0001918 USD/GB-Stunde * (1 200 GB * (3 h +2 h + 1/6 h)) = 1,18916 USD
    Gesamt: 9,42956 USD

  • Eine Bioinformatikwissenschaftlerin entwickelt einen neuen WDL-Workflow in AWS HealthOmics in der Region USA Ost (Nord-Virginia). Sie hat zwei Aufgaben im Workflow. Die erste reserviert 16 vCPUs und 30 GB Arbeitsspeicher und dauert 3,5 Stunden. Die zweite erfordert 32 vCPUs und 160 GB Arbeitsspeicher und dauert 2,25 Stunden. Der Kunde registriert den Workflow und ruft die StartRun-API mit dem dynamischen Dateisystem auf. Im Laufe der 5,75-stündigen Workflow-Ausführung wächst das Dateisystem linear von 0 GB auf 1 043 GB, was einem Dateispeicher von insgesamt 3 000 GB-Std. entspricht. Ihre Gesamtkosten betragen:
    Aufgabe 1 (omics.c.4xlarge): 0,9180 USD pro Stunde × 3,5 Stunden = 3,213 USD
    Aufgabe 2 (omics.r.8xlarge): 2,7216 USD pro Stunde × 2,25 Stunden = 6,1236 USD
    Dynamischer Ausführungsspeicher: 0,0004110 USD/GB-Stunde × 3 000 GB-Stunden = 1,233 USD
    Insgesamt: 10,5696 USD

  • Ein Computerwissenschaftler möchte den GATK-BP Germline fq2vcf für den 30-fachen Genom-Ready2Run-Workflow in der Region USA Ost (Nord-Virginia) für 3 Proben ausführen. Der Kunde gibt seine Daten ein und ruft die StartRun-API für jedes Probe auf. Die Kosten für die 3 Ausführungen betragen:
    GATK-BP Germline fq2vcf für 30x Genom Ready2Run-Workflow: 10,00 USD/Ausführung * 3 = 30,00 USD
    Gesamt: 30,00 USD

  • Eine Initiative zur Sequenzierung der Population beginnt mit der Sequenzierung von Individuen aus einer Biobank, für die Daten erfasst wurden. Sie wählten dafür die Region EU West (Irland). Sie sequenzieren 100 000 Individuen mit jeweils 130 Gigabasen, 50 Gigabyte, und speichern die Rohdaten der Sequenzierung im AWS-HealthOmics-Speicher. In den nächsten fünf Jahren verbleiben sie nach den 30 Tagen nach dem Import in der Archivspeicherklasse und werden im Durchschnitt zweimal aufgerufen, wobei sie 30 Tage lang in die aktive Speicherklasse wechseln. Sie verwenden S3-APIs für den Zugriff auf die Dateien. Jedes Genom wird in 500 Teilen heruntergeladen, was 500 GET-API-Aufrufe erzeugt. Die Gesamtkosten über fünf Jahre für ein einzelnes Genom betragen:
    Aktive Speicherklasse: 0,005769 USD Gigabase/Monat * 130 Gigabasen * 90 Tage = 2,22 USD
    Speicherklasse Archiv: 0,001154 USD Gigabase/Monat * 130 Gigabasen * (1 825 – 90) Tage = 8,56 USD.
    S3-GET-APIs: 0,0004 USD/1 000 API-Aufrufe * (2 * 500 API-Aufrufe) = 0,0004 USD
    Gesamtkosten für 5 Jahre: 2,22 USD + 8,56 USD + 0,0004 USD = 10,78 USD (oder 2,15 USD/Jahr)

  • Ein Datenwissenschaftler hat 3 202 Variant Call Format (VCF)-Dateien, die er in Amazon Athena in der Region USA Ost (Nord-Virginia) analysieren möchte. Er erstellt einen Variantenspeicher und nimmt diese Dateien über die Amazon-HealthOmics-APIs auf. Die aufgenommenen Daten sind 1,5 TB groß. Im Laufe des nächsten Monats führt er 1 000 Abfragen in Athena aus, um Allelhäufigkeiten für verschiedene Unterpopulationen zu berechnen, wobei jede im Durchschnitt 50 GB verbraucht. Seine monatlichen Gesamtkosten betragen:
    Variantenspeicher: 0,035 USD/GB-Monat * (1 024 GB/TB * 1,5 TB) = 53,76 USD
    Amazon Athena: 5 USD/TB * 1 000 * 50 / 1 024 = 244,14 USD

Datenübertragungspreise

Sie zahlen für die gesamte Bandbreite aus HealthOmics. Datenübertragungsgebühren fallen nicht für Daten an, die an AWS-Services innerhalb derselben AWS-Region wie der Datenspeicher übertragen werden. Die folgenden Preise basieren auf bei AWS HealthOmics ein- und ausgehenden Datenübertragungen (über das öffentliche Internet)†††. Erfahren Sie mehr über Preise für AWS Direct Connect. Für Datenübertragungen von mehr als 500 TB/Monat wenden Sie sich bitte an uns.

Die Preisstufen gelten für Ihre gesamte ausgehende Datenübertragung in das Internet aus allen AWS-Services.

††† Ausgehende Datenübertragungen können sich von den Daten unterscheiden, die Ihre Anwendung empfängt, falls Sie die Verbindung vorzeitig beenden. Beispiel: Sie fordern ein Objekt mit 10 GB an und beenden die Verbindung, nachdem die ersten 2 GB der Daten empfangen wurden. AWS HealthOmics versucht das Streaming von Daten zu stoppen. Dies geschieht jedoch nicht sofort. In diesem Beispiel kann die ausgehende Datenübertragung also 3 GB betragen (1 GB mehr als die empfangenen 2 GB). Infolgedessen werden Ihnen 3 GB ausgehende Datenübertragung in Rechnung gestellt.