投稿日: Mar 7, 2022
本日、Amazon Genomics CLI のワークフロー管理ツールのカタログに、ゲノミクス分析のために Snakemake が追加されたことを発表しました。このカタログには、Cromwell、Nextflow、および miniWDL も含まれています。
GNU Make から着想を得た Snakemake では、ワークフローを小さな依存関係のステップに分解するルールとして、ワークフローを指定します。Snakemake では、ルール間の依存関係が自動的に判断され、python ベースのルール定義構文構造を介して、追加のコントロールも提供されます。Snakemake などのワークフロー管理ツールによって提供される再現性と透過性の利点が、Amazon Genomics CLI を介して大規模に実現されます。Amazon Genomics CLI は、ワークフローエンジンやコンピューティングクラスターなどのクラウドリソースのデプロイを簡素化および自動化し、ゲノミクスおよびライフサイエンス分野のお客様に、Amazon Web Services (AWS) でゲノミクスワークフローを迅速にセットアップして実行するための使いやすいコマンドラインを提供します。クラウドにおけるゲノミクスワークフローのセットアップや実行から手間のかかる作業を取り除くことで、ソフトウェアデベロッパーや研究者は、クラウドリソースを自動的にプロビジョン、設定、およびスケールして、より高速かつ費用対効果の高い集団レベルの遺伝学の研究や創薬サイクルなどを実現できます。
Amazon Genomics CLI は、AWS 中国リージョン、AWS GovCloud (米国)、およびエアギャップリージョンを除くほとんどの商用リージョンでリリース時からご利用いただけます。