AWS Step Functions および AWS Batch を使用したゲノミクスセカンダリ分析

この AWS ソリューション実装では、どのようなことが可能ですか?

AWS Step Functions と AWS Batch ソリューションを使用したゲノミクス二次分析は、ゲノミクス二次分析のパイプラインを開発、構築、デプロイ、および実行するスケーラブルな環境を AWS 上に作成します。たとえば、未処理の全ゲノムシーケンスをバリアントコールに処理できます。このソリューションにはゲノミクスワークフローとその実行をサポートするインフラストラクチャの両方にアップデートを構築およびデプロイするための、AWS CodeCommit のソースコードリポジトリと AWS CodePipeline を使用する継続的インテグレーションと継続的デリバリー (CI/CD) が含まれます。このソリューションでは、迅速にソリューションを発展させるのに役立つ Infrastructure as Code の原理とベストプラクティスをフルに活用します。

Amazon CloudWatch の運用ダッシュボードは、パイプラインおよびツールのステータスとパフォーマンス監視用にデプロイされます。お客様はゲノミクス分析や研究プロジェクト用にこのソリューションをデプロイすることが可能です。

AWS ソリューション実装の概要

下図は、このソリューションの実装ガイドと付属の AWS CloudFormation テンプレートを使用して、自動的にデプロイできるアーキテクチャを表しています。

AWS Step Functions および AWS Batch を使用したゲノミクスセカンダリ分析 | アーキテクチャの図

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AWS Step Functions と AWS Batch を使用したゲノミクス二次分析のソリューションアーキテクチャ

AWS CloudFormation テンプレートはこのソリューションをインストールするため、AWS アカウントに setup スタックを含む 4 つの CloudFormation スタックを作成します。他のスタックには共通のソリューションリソースとアーティファクトを含むランディングゾーン (zone) スタック、ソリューションの CI/CD パイプラインを定義するデプロイパイプライン (pipe) スタック、ツールを提供するコードベース (code) スタック、ワークフロー定義、ジョブ実行環境のソースコードなどがあります。

このソリューションの setup スタックは setup.sh スクリプトを含む AWS CodeBuild プロジェクトを作成します。このスクリプトは残りの CloudFormation スタックを作成し、それらが作成されると、AWS CodeCommit pipe リポジトリと code リポジトリの両方にコードを提供します。

ランディングゾーン (zone) スタックは CodeCommit pipe リポジトリ、Amazon CloudWatch イベント、AWS CodePipeline pipe パイプラインを作成し、これがゲノミクスワークフロー用の継続的インテグレーション/継続的デリバリー (CI/CD) パイプラインを定義します。デプロイパイプライン (pipe) スタックは CodeCommit code リポジトリ、Amazon CloudWatch イベント、CodePipeline code パイプラインを作成します。

CodePipeline code パイプラインはコードベース (code) CloudFormation スタックをデプロイします。アカウントにデプロイされるリソースには Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) バケット、ソースコード用の CodeCommit リポジトリ、AWS CodeBuild プロジェクト、AWS CodePipeline パイプライン、Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR) 画像リポジトリ、サンプルの AWS Step Functions ステートマシン、AWS Batch コンピューティング環境、ジョブキュー、ジョブ定義などが含まれます。サンプルの Amazon CloudWatch ダッシュボードでは運用ワークロードの監視を利用できます。つまり、このソリューションを使用することで、ゲノミクスのワークフローおよびその実行をサポートするインフラストラクチャ両方のアップデートを構築、デプロイきるようになります。

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