云在基因组学领域的应用

使用 AWS 简化并安全地扩展基因组分析。

AWS 针对处理敏感数据和工作负载的需要,为您提供了固有的可扩展性以及合作伙伴和工具生态系统。AWS 客户将能够提高对基因组学的洞察力,同时构建从现有本地基础设施到云的桥梁。

使用 AWS,您可以高效动态地存储和计算数据、与同事协作、整合分析和机器学习技术,并将自己的研究成果应用到临床实践中。   

观看基因组学领域的全球领导者讨论云的优势

优势

加快科学发现的速度

AWS 帮助基因组学客户从庞大、复杂的数据中获取可行动的见解。您无需在前期投入大量的时间和费用来构建和维护基础设施。AWS 让您可以根据需要灵活经济地访问(几乎是即时访问)任意数量的资源,而且只需为所用资源付费。

确保可扩展性和提供动态资源

而在 AWS 上运行基因组学分析管道意味着您可以高效扩展以满足您的需求,然后在没有需求时再次缩减。AWS 还提供一些替代的定价和计算方法,作为基因组学测试的补充。

自定义和优化工作流

从构建基因组学管道到将基因组学研究成果整合到诊断治疗模式中,AWS 拥有一个广泛的合作伙伴生态系统,让您可以与之协作以优化和自定义自己的工作流程。该生态系统为您提供各种灵活选项,使您的解决方案具有了诸多可选性。 

Cromwell on AWS

Cromwell 是 Broad Institute 开发的一种工作流管理系统,现已获得 AWS 云的支持。借助 Cromwell on AWS,研究人员和科学家现在可以使用云中的计算能力,更加灵活地扩展基因组学实验 — 不再受制于本地资源的限制。

基因组学使用案例

  • 容器
  • 工作流程管理
  • 大数据分析
  • 数据集
  • 协作
  • 容器
  • 基因组学管道的容器

    为了进一步方便基因组学管道的分配和执行,您可以将流程进行封装,然后在 AWS 云上运行容器。配置自己的即插即用工作流程架构,建设满足具体工作流程和研究需求的环境。使用 Amazon EC2 Container Service (ECS) 或运行 AWS 上的 Docker,您可以通过化整为零的方式解决较大的基因组学问题,提高数据输出的可复制性,更加方便数据的共享。

    Health_Genomics_diagram_Containers

    架构视频

    此架构视频介绍了 Human Longevity, Inc. 在 AWS 中构建的强大且可重复使用的应用程序管道。他们使用 Docker 容器中运行的自定义分析工具,每天处理 Amazon S3 中多达 12TB 的原始数据。

    了解更多 »

    架构图表

    探索 Human Longevity, Inc. 利用 AWS 上的 Docker 进行基因组分析的详细架构图

    了解更多 »

    客户案例研究

    此案例介绍了 Benchling 如何使用 AWS Lambda 将搜索时间缩短了 90% 并扩展满足数百个基因组的分析需求。 

    了解更多 »

  • 工作流程管理
  • 工作流程管理

    为了帮助您更高效地管理基因组学管道,您可在 AWS 云中设计工作流管理规则。创建并执行一系列计算或数据操作步骤,并通过作业优化以加速完成作业。

    Health-Genomics_diagrams_Workflow-management

    客户案例研究

    此案例介绍了贝勒医学院如何与 DNAnexus 合作将其基因组分析管道迁移到 AWS 云上。了解他们如何支持要求安全合规环境的大型临床基因组研究

    了解更多 »

    客户案例研究

    此案例介绍了 DNAnexus 如何在 AWS 上构建基因组分析平台。了解如何通过 AWS 基础设施与 DNAnexus 平台控制机制和认证合规性的优势结合,让他们满足 HIPAA、CAP/CLIA、GxP 以及其他隐私保护法律法规的严格要求。

    了解更多 »

  • 大数据分析
  • 适用于基因组学的大数据分析

    基因组学组织正在面临来自基因组学管道的数据海啸。为了使此数据更具可操作性,您可以部署 AWS 组件,为从数据采集和分析到可视化、存储、仓库和归档的整个分析管道提供支持。从而根据自己的需求灵活地选择广泛的数据库服务,实现最佳效果。

    Health_Genomics_diagrams_Big-Data-Analytics

    架构视频

    在此架构视频中,了解加州大学圣克鲁兹分校如何使用包含 Docker 容器和 EC2 Spot 实例的低成本解决方案来分析 PB 级的基因组数据。

    了解更多 »

    客户案例研究

    此案例介绍了加州理工学院的 Guttman 实验室如何利用 AWS 上的高性能计算 (HPC) 集群将基因组计算的时间从数周减少至几天。

    了解更多 »

    客户案例研究

    此案例介绍了 GENALICE 通过使用 AWS 高性能计算服务,在短短 60 分钟内就完成了 800 名患者的完整基因组处理。

    了解更多 »

  • 数据集
  • 使用公有和私有数据集

    借助 AWS,您可以访问自己私有的数据集或控制存储库,如 NIH 基因型和表现型数据库 (dbGaP) 或癌症基因体图谱 (TCGA) 等等。使用所选的工具集(如 GATK 或 Galaxy)分析数据。AWS 提供符合使用这些敏感数据集所需的安全性与合规性要求的任何工具,包括对静态数据或传输中数据进行加密的内置功能。

    Health-Genomics_diagrams_Working-Public-Private-Data-Sets

    客户案例研究

    此案例介绍了西奈山伊坎医学院如何在 AWS 上分析海量的基因组数据集并与外部合作方共享数据,同时保持严格的隐私和安全性控制。

    了解更多 »

    白皮书

    在 AWS 中架构以实现基因组数据安全性与合规性

    了解如何处理来自 dbGaP、GWAS 以及其他独立基因组研究存储库的有访问权限控制的数据集

    了解更多 »

    客户案例研究

    此案例介绍了 Illumina 如何使用 AWS 大规模扩展其 DNA 测序技术。他们使用 Amazon RedShift 等产品来支持 Illumina BaseSpace Sequence Hub 并存储高达 10 PB 的基因组数据

    了解更多 »

  • 协作
  • 促进协作

    与协作研究人员共享数据,不论他们在隔壁房间还是在地球的另一端。AWS 可以提供一个集中式共享型工作区,您和您的同事可以在这个工作空间内分析数据集或写入算法和创建工具,而无需来回移动数据实物,也无需担心知识产权侵权。

    Health-Genomics_diagrams_Collaboration

    客户案例研究

    此案例介绍了 Thermo Fisher 如何使用全球 AWS 云,为其客户提供可扩展且安全的平台,进行研究、协作以及改善对患者的医学治疗。

    了解更多 »

    客户案例研究

    此案例介绍了高露洁使用 AWS 来支持内部研究人员和学术研究实验室之间的安全合作,并通过为不同机构的研究人员提供隔离的访问权限,促进团队协作。

    了解更多 »

    客户案例研究

    此案例介绍了加州大学圣克鲁兹分校如何使用 AWS 加快样本处理速度,并安全地位合作者提供结果。

    了解更多 »

在 AWS 上助力精准医学

随着基因测序和 IoT 可穿戴设备等新技术的应用,根据定量信号(包括基因组学、生活方式或环境等)为个人定制医疗方案日益成为可能。精准医学现已在 AWS 上发生。

选择案例研究和资源

查看所有基因组学客户案例研究相关资源

 

Illumina 案例研究

此案例介绍了 Illumina 如何使用 AWS 大规模扩展其 DNA 测序技术。他们使用 Amazon RedShift 等产品来支持 Illumina BaseSpace Sequence Hub 并存储高达 10 PB 的基因组数据

了解更多 »

Sequence Bio 案例研究

此案例介绍了 Sequence Bio 如何在 AWS 上快速建设一个安全稳妥的平台,以实现数据驱动的新药研发。

了解更多 »

Smithsonian 案例研究

此案例介绍了 Smithsonian Institute 的数据学团队如何根据需要扩展和收缩 AWS 计算实例,从而在并行开展基因组注释的同时管理好成本。

了解更多 »

加州大学圣克鲁兹分校案例研究

此案例介绍了加州大学圣克鲁兹分校基因组研究所如何使用 AWS 高性能计算服务,将基因组 计算实践从三个月降至四天,同时又降低了总体成本。

了解更多 »

博客:推动基因组学研究动能

AWS 教育博客:AWS 与 Broad Institute 合作

AWS 云现在支持 Cromwell 这种可以简化基因组分析所需计算任务编排的执行引擎。

了解更多 »

博客:借助新版快速入门在 AWS 云中部署 Illumina DRAGEN

AWS 新增功能:借助新版快速入门在 AWS 云中部署 Illumina DRAGEN

此快速入门可在大约 15 分钟内为 GENomics Complete Suite (DRAGEN CS) 在 AWS 云上部署动态读取分析。DRAGEN CS 是 Illumina 的一个数据分析平台。

了解更多 »

博客:大规模精准医学

AWS 计算博客:大规模加快精准医学的发展

Edico Genome 开发了一种新颖的解决方案,使用 AWS 上启用了 FPGA 的应用程序加速基因组分析。

了解更多 »

博客:Human Longevity Inc.

AWS 新闻博客:通过基因组研究改变医学。

Human Longevity, Inc. 使用 AWS 来存储在医学革命过程中生成的海量数据。

了解更多 »


入门

领先的基因组学公司已经在使用 AWS。联系我们的专家,立即踏上您的 AWS 云之旅。