Anwendungsfälle der sekundären Genomanalyse

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Sekundäranalyse
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Workflow-Automatisierung

Symbol für Workflow-Automatisierung

Das Ausführen von Genomik-Workflows erfordert manuelle Bereitstellung und Konfiguration. Workflow-Automatisierungs- und Orchestrierungstools von AWS, AWS-Partnern und der Open-Source-Community können dazu beitragen, die Forschung zu beschleunigen und die Rechenkapazitäten zu skalieren. 

AWS-Lösungen und Anleitungen

Symbol für Automatisierung von Genomik-Workflows auf AWS mit dem Amazon Genomics CLI

Lösung: Automatisierung von Genomik-Workflows auf AWS mit Amazon Genomics CLI

Amazon Genomics CLI ist ein Open-Source-Tool, das eine einfach zu verwendende Befehlszeilenschnittstelle für die schnelle Einrichtung und Ausführung von Genomik-Workflows auf AWS bereitstellt und damit schnellere und kosteneffizientere Genetikstudien auf Bevölkerungsebene, Arzneimittelentwicklungszyklen und mehr ermöglicht.

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Sekundäre Genomanalyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch-Symbol

Lösung: Sekundäre Genomik-Analyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch

Die Lösung Sekundäre Genomanalyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch erstellt eine skalierbare Umgebung in AWS zur Entwicklung, Erstellung, Bereitstellung und Ausführung von Pipelines für die sekundäre Genomik-Analyse, z. B. für die Verarbeitung von rohen ganzen Genomsequenzen zu Variantenaufrufen.

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Symbol für Cromwell auf AWS

Lösung: Cromwell auf AWS

Mit Cromwell in AWS haben Forscher und Wissenschaftler noch mehr Flexibilität bei der Skalierung von Genomik-Experimenten, indem sie Computing-Funktionen in der Cloud verwenden, anstatt um begrenzte On-Premises-Ressourcen zu konkurrieren.

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Symbol für Automatisierung von Genomik-Workflows auf AWS mit dem Amazon Genomics CLI

Lösung: Nextflow in AWS Batch

Nextflow ist ein reaktives Workflow-Framework und eine domänenspezifische Sprache (DSL), die skalierbare und reproduzierbare wissenschaftliche Workflows mithilfe von Softwarecontainern ermöglicht.

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Logo des Fred Hutchinson Cancer Research Center

Die Fred Hutch Microbiome Research Initiative reduziert mit AWS die Rechenzeit von 7 Jahren auf 7 Tage.

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Logo von Gritstone Oncology

Gritstone Oncology verwendet AWS und eine Nextflow-gesteuerte gemeinsam genutzte Auftragswarteschlange, um Aufträge zu versenden und den Datenaustausch zu verarbeiten.

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Helix-Logo

Helix nutzt BaseSpace Sequence Hub, eine Plattform zur Analyse von Genomdaten von Illumina, um seine Arbeit voranzutreiben.

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Logo von DNAnexus

„Führende Diagnostik- und Biopharmaunternehmen setzen DNAnexus in AWS ein, um wiederkehrende datenintensive Aufgaben zu automatisieren und so Geschwindigkeit und Genauigkeit zu gewährleisten. Dadurch können diese Unternehmen ihre Forschungs- und Entwicklungskosten drastisch senken und die Entwicklung ihrer Pipelines von Wochen auf Stunden beschleunigen.“

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Logo von Seqera Labs

„Seqera Labs und AWS haben zusammengearbeitet, um sicherzustellen, dass AWS die Umgebung der Wahl für biowissenschaftliche Workloads ist.“ Nextflow und Nextflow Tower sind nahtlos in AWS Batch für elastisches Computing, EKS für eine nahtlose Bereitstellung und AWS Datei- und Objektspeicher-Services für kosteneffektive und performante Datenspeicher integriert.“

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Logo von Seven Bridges

„Die Seven-Bridges-Plattform und Seven-Bridges-Analysewerkzeuge wie GRAF™ und ARIA™ stützen sich auf die Flexibilität und Skalierbarkeit von AWS, um Forschern die Nutzung riesiger Depots genomischer und phänotypischer Daten zu ermöglichen. Diese Daten könnten transformative Einblicke in die Grundlagen von Krankheiten, neuartige therapeutische Ansätze und In-silico-Krankheitsmodelle offenbaren.“

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Die DRAGEN-Bio-IT-Plattform von Illumina ermöglicht die ultraschnelle Analyse von Next Generation Sequencing (NGS)-Daten für große Datensätze, wie ganze Genome, Exome und Gene/Panele. Die Analyse umfasst das Mapping, die Ausrichtung, die Sortierung, die Duplikatmarkierung, das Small Variant Calling und mehr.

Sekundäranalyse

Symbol für Sekundäranalyse

Da die Einführung der Genomik immer schneller voranschreitet, wird die Sekundäranalyse häufig als Einschränkung angesehen. Um die Analyse zu beschleunigen und mit der steigenden Nachfrage Schritt zu halten, nutzen Genomik-Organisationen die Skalierbarkeit und Kosteneffizienz von AWS.

AWS-Lösungen und Anleitungen

Logo von DRAGEN auf AWS

Lösung: DRAGEN auf AWS

Illuminas Dynamic Read Analysis for Genomics (DRAGEN) auf AWS ermöglicht die ultraschnelle Analyse von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation. 

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Sekundäre Genomanalyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch-Symbol

Lösung: Sekundäre Genomik-Analyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch

Die Lösung Sekundäre Genomanalyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch erstellt eine skalierbare Umgebung in AWS zur Entwicklung, Erstellung, Bereitstellung und Ausführung von Pipelines für die sekundäre Genomik-Analyse, z. B. für die Verarbeitung von rohen ganzen Genomsequenzen zu Variantenaufrufen.

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Illumina-Logo

Die DRAGEN Bio-IT-Plattform von Illumina liefert präzise, ultraschnelle Sekundäranalyseergebnisse. Kunden können ihre Analysen mit DRAGEN, das auf Amazon-EC2-F1-Instances ausgeführt wird, optimieren und deutlich beschleunigen.

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Logo des Münchner Leukämie-Labors (MLL)

Mit AWS reduziert das Münchner Leukämie-Labor die Durchlaufzeit für die Verarbeitung von Patientengenomdaten von 20 Stunden auf 3 Stunden und trägt so zur Beschleunigung der Forschung und zur Verbesserung der Leukämiediagnose bei.

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Ancestry-Logo

Ancestry verlässt sich auf Amazon EFS, um mehreren Wissenschaftlern die Durchführung von Genomforschungen zu ermöglichen, die Rechen- und Speicherkapazität nach oben oder unten zu skalieren und Wissenschaftler schneller einzubinden.

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Illumina-Logo

„Präzision und Schnelligkeit sind unerlässlich, um das menschliche Genom zu erschließen. Die DRAGEN Bio-IT-Plattform von Illumina liefert präzise, ultraschnelle Sekundäranalyseergebnisse. Kunden können ihre Analysen mit DRAGEN auf AWS durchführen und dramatisch beschleunigen.“

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NVIDIA-Logo

„NVIDIA Clara Parabricks Pipelines ist ein GPU-beschleunigtes Computing-Framework, das genomische Anwendungen unterstützt, die von DNS bis RNS reichen. Die Beschleunigung von Parabricks in Kombination mit der Skalierbarkeit von AWS ermöglicht es der Genomik-Branche, Projekte schneller und kosteneffizienter durchzuführen und den Wissenschaftlern, mehr genetische Varianten in ihren Daten zu identifizieren.“

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Logo von Seven Bridges

„Die Seven-Bridges-Plattform und Seven-Bridges-Analysewerkzeuge wie GRAF™ und ARIA™ stützen sich auf die Flexibilität und Skalierbarkeit von AWS, um Forschern die Nutzung riesiger Depots genomischer und phänotypischer Daten zu ermöglichen. Diese Daten könnten transformative Einblicke in die Grundlagen von Krankheiten, neuartige therapeutische Ansätze und In-silico-Krankheitsmodelle offenbaren.“

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Analysieren Sie Ihre gesamten Genom-, Exom- und Panel-Sequenzierungsdaten der nächsten Generation schnell und mit hoher Genauigkeit mit GPU-beschleunigten NVIDIA Clara Parabricks für die Genomanalyse auf AWS. Clara Parabricks auf AWS bietet eine Reihe speziell entwickelter Tools zur Unterstützung von End-to-End-Genomik-Workflows, zur Verbesserung der Datenliquidität, Sicherheit und Analyseengpässe. Die Beschleunigung von Parabricks in Verbindung mit der Skalierbarkeit von AWS hilft Wissenschaftlern, die Analysekosten zu senken, Ergebnisse schneller zu liefern und die Datenverarbeitung zu skalieren.

Optimierung der Rechenkosten für Sekundäranalysen

Erfahren Sie, wie Sie die Rechenkosten für Sekundäranalysen mit Amazon Elastic Compute Cloud (EC2), Spot-Instances und AWS Batch optimieren.

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