Optimieren und beschleunigen Sie die Analyse von Genomdaten mit Zugriff auf erstklassige Tools, die für die On-Demand-Skalierung mit AWS for Genomics verfügbar sind.
Ready2Run-Workflows von AWS HealthOmics
Umwandlung genomischer und biologischer Daten in Erkenntnisse
Automatisieren und Beschleunigen der Sekundäranalyse
Um Genomik-Organisationen bei der Optimierung von Workflows und der Verkürzung von Analysezeiten zu unterstützen, stellt AWS für die Genomik eine Vielzahl von Lösungen und Services zur Workflow-Automatisierung und Sekundäranalyse von AWS und AWS-Partnern bereit. Verwaltete Services wie AWS HealthOmics stellen vollständig verwaltete Bioinformatik-Datenverarbeitung bereit.
Anwendungsfälle der sekundären Genomanalyse
Workflow-Automatisierung
Das Ausführen von Genomik-Workflows erfordert manuelle Bereitstellung und Konfiguration. Workflow-Automatisierungs- und Orchestrierungstools von AWS, AWS-Partnern und der Open-Source-Community können dazu beitragen, die Forschung zu beschleunigen und die Rechenkapazitäten zu skalieren. Managed Services wie AWS HealthOmics stellen vollständig verwaltete Datenverarbeitung für die Bioinformatik bereit. Bringen Sie einfach Ihre Daten, Tools und die Definition des Workflows mit und führen Sie Ihre Genomanalysen mit nur wenigen Klicks aus. Zur Lösungsbibliothek gehen.
AWS-Lösungen
Lösung: Automatisierung von Genomik-Workflows auf AWS mit Amazon Genomics CLI
Amazon Genomics CLI ist ein Open-Source-Tool, das eine einfach zu verwendende Befehlszeilenschnittstelle für die schnelle Einrichtung und Ausführung von Genomik-Workflows auf AWS bereitstellt und damit schnellere und kosteneffizientere Genetikstudien auf Bevölkerungsebene, Arzneimittelentwicklungszyklen und mehr ermöglicht.
Lösung: Sekundäre Genomik-Analyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch
Die Lösung Sekundäre Genomanalyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch erstellt eine skalierbare Umgebung in AWS zur Entwicklung, Erstellung, Bereitstellung und Ausführung von Pipelines für die sekundäre Genomik-Analyse, z. B. für die Verarbeitung von rohen ganzen Genomsequenzen zu Variantenaufrufen.
Vorgestellte Kunden
Die Fred Hutch Microbiome Research Initiative reduziert mit AWS die Rechenzeit von 7 Jahren auf 7 Tage.
Gritstone Oncology verwendet AWS und eine Nextflow-gesteuerte gemeinsam genutzte Auftragswarteschlange, um Aufträge zu versenden und den Datenaustausch zu verarbeiten.
Helix nutzt BaseSpace Sequence Hub, eine Plattform zur Analyse von Genomdaten von Illumina, um seine Arbeit voranzutreiben.
Vorgestellte Partnerlösungen
„Führende Diagnostik- und Biopharmaunternehmen setzen DNAnexus in AWS ein, um wiederkehrende datenintensive Aufgaben zu automatisieren und so Geschwindigkeit und Genauigkeit zu gewährleisten. Dadurch können diese Unternehmen ihre Forschungs- und Entwicklungskosten drastisch senken und die Entwicklung ihrer Pipelines von Wochen auf Stunden beschleunigen.“
„Seqera Labs und AWS haben zusammengearbeitet, um sicherzustellen, dass AWS die Umgebung der Wahl für biowissenschaftliche Workloads ist.“ Nextflow und Nextflow Tower sind nahtlos in AWS Batch für elastisches Computing, EKS für eine nahtlose Bereitstellung und AWS Datei- und Objektspeicher-Services für kosteneffektive und performante Datenspeicher integriert.“
„Die Seven-Bridges-Plattform und Seven-Bridges-Analysetools wie GRAF™ und ARIA™ stützen sich auf die Flexibilität und Skalierbarkeit von AWS, um es Forschern zu ermöglichen, riesige Bestände an genomischen und phänotypischen Daten zu nutzen, die das Potenzial haben, transformative Einblicke in die Grundlagen von Krankheiten, neue therapeutische Ansätze und In-silico-Krankheitsmodelle zu liefern.“
Vorgestellte Beratungspartner
Die DRAGEN-Bio-IT-Plattform von Illumina ermöglicht die ultraschnelle Analyse von Next Generation Sequencing (NGS)-Daten für große Datensätze, wie ganze Genome, Exome und Gene/Panele. Die Analyse umfasst das Mapping, die Ausrichtung, die Sortierung, die Duplikatmarkierung, das Small Variant Calling und mehr.
Sekundäranalyse
Da die Einführung der Genomik immer schneller voranschreitet, wird die Sekundäranalyse häufig als Einschränkung angesehen. Um die Analyse zu beschleunigen und mit der steigenden Nachfrage Schritt zu halten, nutzen Genomik-Organisationen die Skalierbarkeit und Kosteneffizienz von AWS.
AWS-Lösungen
Service: AWS HealthOmics für vollständig verwaltete Bioinformatik-Datenverarbeitung
AWS HealthOmics unterstützt groß angelegte Analysen und kollaborative Forschung über ganze Bevölkerungsgruppen hinweg. Mit speziell entwickelten Datenspeichern werden genomische und biologische Rohdaten in Erkenntnisse über die Gesundheitslage von Patienten und Bevölkerungsgruppen umgewandelt.
Lösung: DRAGEN auf AWS
Illuminas Dynamic Read Analysis for Genomics (DRAGEN) auf AWS ermöglicht die ultraschnelle Analyse von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation.
Lösung: Sekundäre Genomik-Analyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch
Die Lösung Sekundäre Genomanalyse mithilfe von AWS Step Functions und AWS Batch erstellt eine skalierbare Umgebung in AWS zur Entwicklung, Erstellung, Bereitstellung und Ausführung von Pipelines für die sekundäre Genomik-Analyse, z. B. für die Verarbeitung von rohen ganzen Genomsequenzen zu Variantenaufrufen.
Vorgestellte Kunden
Die DRAGEN Bio-IT-Plattform von Illumina liefert präzise, ultraschnelle Sekundäranalyseergebnisse. Kunden können ihre Analysen mit DRAGEN, das auf Amazon-EC2-F1-Instances ausgeführt wird, optimieren und deutlich beschleunigen.
Mit AWS reduziert das Münchner Leukämie-Labor die Durchlaufzeit für die Verarbeitung von Patientengenomdaten von 20 Stunden auf 3 Stunden und trägt so zur Beschleunigung der Forschung und zur Verbesserung der Leukämiediagnose bei.
Ancestry verlässt sich auf Amazon EFS, um mehreren Wissenschaftlern die Durchführung von Genomforschungen zu ermöglichen, die Rechen- und Speicherkapazität nach oben oder unten zu skalieren und Wissenschaftler schneller einzubinden.
Vorgestellte Partnerlösungen
„Präzision und Schnelligkeit sind unerlässlich, um das menschliche Genom zu erschließen. Die DRAGEN Bio-IT-Plattform von Illumina liefert präzise, ultraschnelle Sekundäranalyseergebnisse. Kunden können ihre Analysen mit DRAGEN auf AWS durchführen und dramatisch beschleunigen.“
„NVIDIA Clara Parabricks Pipelines ist ein GPU-beschleunigtes Computing-Framework, das genomische Anwendungen unterstützt, die von DNS bis RNS reichen. Die Beschleunigung von Parabricks in Kombination mit der Skalierbarkeit von AWS ermöglicht es der Genomik-Branche, Projekte schneller und kosteneffizienter durchzuführen und den Wissenschaftlern, mehr genetische Varianten in ihren Daten zu identifizieren.“
„Die Seven-Bridges-Plattform und Seven-Bridges-Analysetools wie GRAF™ und ARIA™ stützen sich auf die Flexibilität und Skalierbarkeit von AWS, um es Forschern zu ermöglichen, riesige Bestände an genomischen und phänotypischen Daten zu nutzen, die das Potenzial haben, transformative Einblicke in die Grundlagen von Krankheiten, neue therapeutische Ansätze und In-silico-Krankheitsmodelle zu liefern.“
Vorgestellte Beratungspartner
Vorgestellte Ressource
Optimierung der Rechenkosten für Sekundäranalysen
Erfahren Sie, wie Sie die Rechenkosten für Sekundäranalysen mit Amazon Elastic Compute Cloud (EC2), Spot-Instances und AWS Batch optimieren.
Erste Schritte
