藉助 AWS 基因體存取可用於隨需擴展的最佳工具,簡化和加速基因體資料的分析。
AWS HealthOmics Ready2Run 工作流程
將基因體和生物學資料轉化為洞察
自動化和加速二次分析
為了協助基因體組織最佳化工作流程並縮短分析時間,AWS 基因體學雲端方案提供了各種 AWS 以及 AWS 合作夥伴工作流程自動化和二次分析解決方案與服務。 AWS HealthOmics 等受管服務提供完全受管的生物資訊學計算。
工作流程自動化
執行基因體工作流程需要手動佈建和組態。來自 AWS、AWS 合作夥伴和開放原始碼社群的工作流程自動化與協同運作工具,可協助加速研究和擴展運算能力。 AWS HealthOmics 等受管服務提供完全受管的生物資訊學運算 — 只需提供資料、工具和工作流程定義,然後按幾下即可執行您的基因組學分析。前往 解決方案程式庫。
AWS 解決方案
解決方案:使用 Amazon Genomics CLI 在 AWS 上自動化基因體工作流程
Amazon Genomics CLI 是一個開放原始碼工具,它提供了一個易於使用的命令列介面,可以在 AWS 上快速設定和執行基因體工作流程,從而實現更快、更具成本效益的群體級遺傳學研究、藥物探索週期等。
解決方案:使用 AWS Step Functions 和 AWS Batch 的基因體二次分析
使用 AWS Step Functions 和 AWS Batch 的基因體二次分析解決方案可在 AWS 上建立可擴展環境,以開發、建置、部署和執行基因體二次分析管道,例如將原始的全基因體序列處理為變異識別。
特色合作夥伴解決方案
「頂級診斷和生物製藥公司利用 AWS 上的 DNAnexus 自動執行重複性資料密集型任務,以提高速度和準確性。因此,這些公司的研發工作大幅減少,將管道開發速度從幾週縮短到幾小時。」
「Seqera Labs 和 AWS 合作確保 AWS 成為生命科學工作負載的首選環境。Nextflow 和 Nextflow Tower 無縫整合到 AWS Batch 可實現彈性運算、整合到 EKS 可實現無縫部署,以及 AWS 檔案和物件儲存服務可實現經濟高效的高效能資料儲存。」
「Seven Bridges 平台和 GRAF™ 和 ARIA™ 等 Seven Bridges 分析工具依賴於 AWS 的靈活性和可擴展性,使研究人員能夠利用大量基因體和表型資料儲存庫——這些儲存庫有可能揭示對疾病的基礎、新的治療方法和計算機疾病模型的洞察。」
特色諮詢合作夥伴
Illumina 的 DRAGEN Bio-IT 平台支援對全基因體、外顯子組和基因/面板等大型資料集的下一代定序 (NGS) 資料進行超快速分析。分析包括映射、對齊、排序、重複標記、小變異叫用等。
二次分析
隨著基因體採用的不斷加速,二次分析通常被視為是限制約束。為了加速分析並適應不斷增長的需求,基因體組織會利用 AWS 的可擴展性和成本效率。
AWS 解決方案
服務:適用於全受管生物資訊學運算的 AWS HealthOmics
AWS HealthOmics 透過專門建置的資料存放區支援整個人群的大規模分析和協作研究,同時將原始基因組和生物資料轉化為患者層級和人群健康洞察。
解決方案:AWS 上的 DRAGEN
Illumina 在 AWS 上的基因體動態讀取分析 (Dynamic Read Analysis for Genomics,DRAGEN) 可實現對下一代定序資料的超快速分析。
解決方案:使用 AWS Step Functions 和 AWS Batch 的基因體二次分析
使用 AWS Step Functions 和 AWS Batch 的基因體二次分析解決方案可在 AWS 上建立可擴展環境,以開發、建置、部署和執行基因體二次分析管道,例如將原始的全基因體序列處理為變異識別。
特色合作夥伴解決方案
「準確性和速度對於發揮人類基因體的力量至關重要。Illumina 的 DRAGEN Bio-IT 平台可提供準確、超快速的二次分析結果。客戶可以使用在 AWS 上執行的 DRAGEN 來支援並顯著加速他們的分析。」
「NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 是一種 GPU 加速運算架構,支援從 DNA 到 RNA 的基因體應用程式。Parabricks 的加速與 AWS 的可擴展性相結合,使基因體行業能夠更快、更經濟地執行專案,並讓研究人員能夠在他們的資料中識別出更多的基因變異。」
「Seven Bridges 平台和 GRAF™ 和 ARIA™ 等 Seven Bridges 分析工具依賴於 AWS 的靈活性和可擴展性,使研究人員能夠利用大量基因體和表型資料儲存庫——這些儲存庫有可能揭示對疾病的基礎、新的治療方法和計算機疾病模型的洞察。」