الأسئلة الشائعة حول Amazon HealthOmics

AWS HealthOmics هي خدمة مصممة خصيصًا لمساعدة مؤسسات الرعاية الصحية وعلوم الحياة وشركائها في البرامج على تخزين البيانات الجينومية والنسخية وغيرها من بيانات omics والاستعلام عنها وتحليلها ثم توليد رؤى من تلك البيانات لتحسين الصحة. كما تدعم التحليل والبحث التعاوني على نطاق واسع.

توفر AWS HealthOmics تدفقات عمل قابلة للتطوير وأدوات متكاملة لإعداد وتحليل بيانات omics وتقوم تلقائيًا بتوفير البنية التحتية الأساسية وتوسيع نطاقها بحيث يمكنك قضاء المزيد من الوقت في البحث والابتكار. تدعم AWS HealthOmics التحليل واسع النطاق والبحث التعاوني.

يمكن لـ AWS HealthOmics معالجة البيانات مباشرةً من خدمة التخزين البسيطة في Amazon‏ (Amazon S3) أو تخزين AWS HealthOmics باستخدام عمليات سير عمل AWS HealthOmics الخاصة وReady2Run. يمكنك استيراد البيانات مثل ملفات التسلسل الجيني الخام وملفات تنسيق المكالمات المتغيرة ومجموعات بيانات التعليقات التوضيحية من Amazon S3 إلى متاجر تخزين وتحليلات AWS HealthOmics المتوافقة مع المعلوماتية الحيوية. يمكنك التحكم في الوصول إلى متاجر AWS HealthOmics للمتغيرات والتعليقات التوضيحية باستخدام AWS Lake Formation واستخدام Amazon Athena لتسهيل الاستعلام عن البيانات ودمجها مع أشكال أخرى من البيانات، مثل السجلات الصحية الطبية من Amazon HealthLake. يمكنك أيضًا استخدام Amazon Athena لتسهيل الاستعلام عن البيانات ودمجها مع أشكال أخرى من البيانات، مثل السجلات الصحية الطبية المستقاة من Amazon HealthLake. بالإضافة إلى ذلك، يمكنك استخدام البيانات المحوّلة في Amazon QuickSight لإجراء تحليلات متقدمة. يمكنك أيضًا استخدام Amazon SageMaker لإنشاء خوارزميات تعلّم الآلة الجديدة وتدريبها ونشرها على بياناتك المتعددة المكونات والمتعددة الوسائط. أخيرًا، يمكنك أيضًا استخدام Amazon EventBridge لنشر الأحداث كجزء من البنية القائمة على الأحداث.

لدينا نوعان من مخازن البيانات، أحدهما للبيانات الأولية والبيولوجية، والآخر لبيانات المتغير والتعليقات التوضيحية. يمكن لـ AWS HealthOmics Storage استيراد جينومات مرجعية بتنسيق FASTA وملفات التسلسل الأولية بتنسيق FASTQ وBAM وCRAM المضغوطة. يمكن لمتاجر تحليلات AWS HealthOmics استيراد ملفات بتنسيق (g)VCF للبيانات المتغيرة وملفات VCF وGFF وTSV/CSV للتعليقات التوضيحية الجينومية. يمكن لعمليات سير عمل AWS HealthOmics قراءة أي بيانات مدعومة بتعريف سير العمل المحدد والأدوات من وحدة تخزين AWS HealthOmics أو Amazon S3.

تدعم عمليات سير عمل AWS HealthOmics تعريفات سير العمل المتوافقة مع مواصفات WDL 1.1 أو Nextflow 22.04.0 DSL2. حاليًا، يجب تضمين الأدوات المشار إليها بواسطة مهام سير العمل في حاويات متوافقة مع مبادرة الحاوية المفتوحة (OCI) وتخزينها في سجل خاص في سجل الحاويات المرن بـ Amazon‏ (ECR). يجب أن تحدد تعريفات سير العمل مخرجات نهائية معينة، بحيث يُجرى تجاهل النتائج الوسيطة عند اكتمال تشغيل سير العمل. إن التخزين المؤقت لعمليات تشغيل سير العمل أو مهام سير العمل غير مدعوم في الوقت الحالي.

تتيح لك مهام سير العمل الخاصة إمكانية إحضار برامج المعلوماتية الحيوية النصية الخاصة بك المكتوبة بلغتي مهام سير العمل الأكثر استخدامًا، وهما WDL وNextflow. يمكنك تشغيل عمليات سير العمل الخاصة هذه عن طريق عملية تنفيذ واحدة تُعرف باسم "التشغيل". بالنسبة لمهام سير العمل الخاصة، لا تدفع إلا نظير ما تطلبه، ويجرى إصدار فواتير منفصلة لك عن أنواع مثيلات omics وسعة تخزين التشغيل. يُعين لجميع المهام الموجودة في سير العمل أفضل مثيل ملائم لمواردك المحددة.

مهام سير عمل Ready2Run هي مهام سير عمل مُعدة مسبقًا من قِبل شركات برمجيات تابعة لجهات خارجية رائدة في المجال، مثل Sentieon, Inc. وNVIDIA وElement Biosciences جنبًا إلى جنب مع المسارات مفتوحة المصدر الشائعة، مثل سير عمل GATK لأفضل الممارسات من Broad Institute وAlphaFold للتنبؤ ببنية البروتين. يمكنك ببساطة استخدام مهام سير عمل Ready2Run لمعالجة بياناتك باستخدام مهام سير العمل الأكثر استخدامًا مثل Germline وGATK-8P من Broad Institute. تُحسب تكلفة مهام سير عمل Ready2Run حسب نظام الدفع مقابل كل تشغيل بسعر محدد مسبقًا. وهذا يعني أنك تتحمل السعر نفسه مقابل تشغيل كل سير عمل.