Genomik in der Cloud
Sie vereinfachen und skalieren Ihre genomischen Analysen sicher mit AWS.
AWS bietet eine inhärente Skalierbarkeit sowie ein umfangreiches Partnernetzwerk mit Tools, die speziell auf Ihre sensiblen Daten und Arbeitslasten zugeschnitten sind. AWS-Kunden erhalten mit AWS schneller Einblick in ihre Genomdaten und bauen eine Brücke zwischen ihrer vorhandenen lokalen Infrastruktur und der Cloud.
Mit AWS können Sie Ihre Daten effizient und dynamisch speichern und berechnen, mit Kollegen zusammenarbeiten, Analysen und Machine Learning integrieren und Ihre Ergebnisse in die klinische Praxis integrieren.
Nutzen
Erhöhen Sie das Tempo der wissenschaftlichen Forschung
Durch AWS gewinnen Genomikunternehmen wertvolle, direkt umsetzbare Erkenntnisse aus ihren komplexen Daten. Es ist vorab kein großer Zeit- und Kostenaufwand für den Aufbau und die Verwaltung der Infrastruktur erforderlich. Sie können mit AWS kosteneffektiv und nahezu unmittelbar auf so viele Ressourcen wie nötig zugreifen und zahlen nur für das, was Sie nutzen.
Garantierte Skalierbarkeit und dynamische Ressourcenbereitstellung
Wenn Sie diese Pipeline auf AWS einrichten, können Sie die hierfür bereitgestellten Ressourcen jederzeit an Ihren Bedarf anpassen und auch wieder reduzieren, sobald der Bedarf nachlässt. AWS bietet darüber hinaus spezielle Preise und Verarbeitungsmethoden für genomische Tests.
Ihre Workflows anpassen und optimieren
Vom Aufbau Ihrer Genomik-Pipeline bis hin zur Integration genomischer Ergebnisse in diagnostische Behandlungsmuster verfügt AWS über ein breites Netzwerk von Partnern, mit denen Sie zusammenarbeiten können, um Ihre Arbeitsabläufe zu optimieren und anzupassen. Sie erhalten über dieses Partnernetzwerk eine Vielzahl flexibler Optionen, mit denen Sie Ihre Lösungen variabel gestalten können.
Cromwell auf AWS
Cromwell, ein Workflow-Management-System von Broad Institute, wird nun in der AWS-Cloud unterstützt. Mit Cromwell auf AWS haben Forscher und Wissenschaftler nun noch mehr Flexibilität bei der Skalierung von genomischen Experimenten mit Hilfe von Computing-Funktionen in der Cloud – anstatt um begrenzte Ressourcen vor Ort zu kämpfen.
Fallbeispiele aus der Genomik
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Container
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Workflow-Management
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Big Data-Analysen
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Datensets
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Zusammenarbeit
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Container
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Container für Genomik-Pipelines
Um die Verteilung und Ausführung Ihrer Genomik-Pipeline zu erleichtern, können Sie Ihre Prozesse kapseln und Container in der AWS Cloud ausführen. Konfigurieren Sie Ihre eigene Plug-and-Play-Workflow-Architektur und erstellen Sie eine Umgebung, die speziell auf Ihre Workflow- und Forschungsanforderungen zugeschnitten ist. Mit dem Amazon EC2 Container Service (ECS) oder Docker auf AWS können Sie Ihr größeres genomisches Problem in kleineren Teilen lösen, indem Sie die Datenausgabe reproduzierbar und die Daten einfacher zugänglich machen.
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Architekturvideo
Erfahren Sie in diesem Architekturvideo mehr über leistungsstarke und wiederverwendbare Anwendungspipelines, die in AWS von Human Longevity, Inc. erstellt wurden. Sehen Sie, wie sie bis zu 12 TB pro Tag an Rohdaten in Amazon S3 mit benutzerdefinierten Analysetools in Docker-Containern verarbeiten.
Architekturdiagramm
Informieren Sie sich über das detaillierte Architekturdiagramm von Human Longevity, Inc. für die Nutzung von Docker on AWS zur genomischen Analyse
Kundenfallstudie
In dieser Fallstudie erfahren Sie, wie Benchling seine Suchzeiten um 90% verkürzt und mit AWS Lambda auf Hunderte von Genomen skaliert hat.
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Workflow-Management
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Workflow-Management
Zur effizienteren Verwaltung Ihrer Genomik-Pipeline können Sie in der AWS Cloud Workflow-Management-Regeln einrichten. Erstellen und Ausführen einer Reihe von Berechnungs- oder Datenmanipulationsschritten und Optimieren der Parallelisierung von Aufträgen, um Ihre Zeit bis zur Fertigstellung zu verkürzen.
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Kundenfallstudie
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Kundenfallstudie
In dieser Fallstudie erfahren Sie, wie DNAnexus eine Plattform für die Genomanalyse auf AWS aufgebaut hat. Erfahren Sie, wie die Kombination aus AWS-Infrastruktur- und DNAnexus-Plattform-Kontrollen und zertifizierter Compliance es ihnen ermöglichte, die hohen Anforderungen von HIPAA, CAP/CLIA, GxP und anderen Datenschutzgesetzen und -vorschriften zu erfüllen.
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Big Data-Analysen
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Big-Data-Analyse für Genomik
In der Genomikforschung brechen die aus der Genomik-Pipeline generierten Daten wie ein Daten-Tsunami auf die Wissenschaftler herein. Bei der Umsetzung dieser Daten in geeignete Aktionen helfen Ihnen AWS-Komponenten, die Ihre gesamte analytische Pipeline von der Dateneingabe und -analyse über die Darstellung bis zu Speicherung, Warehousing und Archivierung unterstützen. Gewinnen Sie die Flexibilität, aus einer breiten Palette von Datenbankdiensten auszuwählen, die Ihren Bedürfnissen entsprechen und die besten Ergebnisse erzielen.
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Architekturvideo
In diesem Architekturvideo sehen Sie, wie UC Santa Cruz Petabytes von Genomikdaten mit einer kostengünstigen Lösung mit Docker-Containern und EC2-Spot-Instanzen analysiert.
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Kundenfallstudie
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Datensets
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Die Arbeit mit öffentlichen und privaten Datensätzen
Mit AWS können Sie auf Ihre eigenen privaten Datensätze, aber auch auf kontrollierte Repositories wie die Datenbank der Phänotypen und Genotypen des National Institutes of Health (NIH) oder den Cancer Genome Atlas (TCGA) zugreifen. Zur Datenanalyse können Sie Tools Ihrer Wahl (beispielsweise GATK oder Galaxy) verwenden. AWS bietet alle Tools, die Sie zur Gewährleistung von Sicherheit und Compliance bei der Arbeit mit diesen sensiblen Daten benötigen – auch integrierte Funktionen zur Verschlüsselung der Daten während der Übertragung und im Speicher.
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Kundenfallstudie
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Whitepaper
Architecting for Genomic Data Security and Compliance in AWS
Erfahren Sie, wie Sie mit Datensätzen aus dbGaP, GWAS und anderen genomischen Forschungsspeichern auf individueller Ebene arbeiten können
Kundenfallstudie
In dieser Fallstudie erfahren Sie, wie Illumina seine DNA-Sequenzierungstechnologien mit AWS massiv skaliert. Sehen Sie, wie sie den Illumina BaseSpace Sequence Hub unterstützen und 10 PB Genomikdaten mit Produkten wie Amazon RedShift speichern
Öffentliche Datensätze in AWS
Kostenloser Zugriff auf öffentliche genomische Datensätze über AWS:
The Cancer Genome Atlas (TCGA) Offenes Datenset »
International Cancer Genome Consortium (ICGC) Offenes Datenset
1000 Genomes Project Open Data Set »
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Zusammenarbeit
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Zusammenarbeit fördern
Nutzen Sie Ihre Daten gemeinsam mit Ihren Kollegen, die sich am Ende des Gangs oder auf der anderen Seite des Globus befinden können. AWS kann einen zentralen, gemeinsam nutzbaren Arbeitsbereich schaffen, in dem Sie und Ihre Kollegen Datensätze austauschen oder Algorithmen und Tools entwickeln können, ohne die Daten physisch hin- und herschieben oder die Verletzung der Rechte an geistigem Eigentum fürchten zu müssen.
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Unterstützung von Präzisionsmedizin auf AWS
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Auswählte Fallbeispiele und Resourcen
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Blog: Treibende Kraft in der Genomforschung
AWS Education Blog: AWS kooperiert mit dem Broad Institute
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AWS Was ist neu: Neuer Schnellstart zur Bereitstellung von Illumina DRAGEN in der AWS Cloud.
Erfahren Sie, wie dieser Schnellstart die dynamische Leseanalyse für GENomics Complete Suite (DRAGEN CS), eine Datenanalyseplattform von Illumina, in ca. 15 Minuten auf der AWS Cloud bereitstellt.
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Blog: Human Longevity, Inc.
AWS News Blog: Medizin durch Genomforschung verändern.
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