Genomica nel cloud
Semplifica e dimensiona le analisi genomiche in sicurezza con AWS.
AWS offre una scalabilità innata e un ecosistema di partner per strumenti e strumenti preparati per gestire carichi di lavoro e dati sensibili. I clienti AWS possono velocizzare i tempi di analisi genomica e creare un ponte tra l'infrastruttura locale esistente e il cloud.
Grazie ad AWS puoi memorizzare ed elaborare in maniera efficace e dinamica i dati, collaborare con i colleghi e integrare le analisi e il machine learning nell'esperienza pratica a livello clinico.
Vantaggi
Aumenta la velocità delle scoperte scientifiche
AWS consente ai clienti di questo settore di derivare dati analitici utilizzabili da dati complessi di grandi dimensioni. Non sono necessari grandi investimenti iniziali in termini di tempo e denaro per creare e mantenere l'infrastruttura. AWS consente di accedere alla quantità di risorse necessarie in modo quasi istantaneo, pagando solo in base all'uso effettivo.
Scalabilità e allocazione dinamica delle risorse
Eseguendo pipeline di analisi genomica su AWS significa poter scalare in maniera efficace in base ai picchi di richiesta, quindi ridimensionare nuovamente quando la richiesta cala. AWS fornisce anche alcuni metodi alternativi per l'elaborazione e la definizione dei prezzi per completare l'esecuzione dei test di genomica.
Personalizza e ottimizza i flussi di lavoro
Dalla creazione della pipeline genomica all'integrazione dei risultati genomici fino ai modelli di trattamento diagnostico, AWS dispone di un vasto ecosistema di partner con cui collaborare per ottimizzare e personalizzare i flussi di lavoro. Questo sistema ti offre una varietà di opzioni flessibili e ti consente di offrire una scelta per le tue soluzioni.
Cromwell su AWS
Cromwell, un sistema di gestione dei flussi di lavoro di Broad Institute ora è supportato dal cloud AWS. Con Cromwell su AWS ricercatori e scienziati avranno a disposizione ancora più flessibilità per dimensionare gli esperimenti genomici utilizzando le funzionalità di elaborazione nel cloud, invece che contendersi risorse locali limitate.
Casi d'uso nel settore della genomica
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Contenitori
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Gestione del flusso di lavoro
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Analisi di Big Data
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Set di dati
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Collaborazione
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Contenitori
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Contenitori per pipeline genomiche
Per facilitare le pipeline genomiche nella distribuzione ed esecuzione, è possibile incapsulare i processi ed eseguire contenitori nel cloud AWS. Configura l'architettura del flusso di lavoro plug-n-play e crea un ambiente specifico per le tue esigente relative a ricerca e flussi di lavoro. Utilizzando Amazon EC2 Container Service (ECS) o eseguendo Docker su AWS puoi risolvere i problemi legati a genomiche più grandi in piccole parti, rendendo l'output di dati riproducibile e i dati facilmente condivisibili.
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Diagramma dell'architettura
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Gestione del flusso di lavoro
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Gestione del flusso di lavoro
Per consentire una gestione più efficiente della tua pipeline genomica, puoi definire regole di gestione del flusso di lavoro nel cloud AWS. Componi ed esegui una serie di passaggi di manipolazione dei dati o di elaborazione e ottimizza la parallelizzazione delle attività per velocizzare il tempo per il completamento.
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Analisi di Big Data
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Analisi dei Big Data per la genomica
Le organizzazioni che operano in questo settore devono gestire una quantità indescrivibile di dati generati dalle loro pipeline genomiche. Al fine di rendere più utilizzabili tali, puoi distribuire componenti AWS che supportano l'intera pipeline analitica, dall'inserimento dei dati all'analisi, fino alla visualizzazione, storage, backup e archiviazione. Ottieni la flessibilità per scegliere tra una vasta gamma di servizi database per soddisfare le tue esigenze e ottenere i risultati migliori.
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Set di dati
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Utilizzo di set di dati pubblici e privati
Con AWS puoi accedere ai tuoi set di dati privati o repository controllati quali il database NIH di genotipi e fenotipi (dbGaP) o il Cancer Genome Atlas (TCGA). Scegli il kit di strumenti che preferisci (quali GATK o Galaxy) per analizzare i dati. AWS dispone di tutti gli strumenti di cui hai bisogno per gestire i requisiti di sicurezza e conformità per l'utilizzo di questi set di dati sensibili, comprese funzionalità integrate per crittografare i dati su disco o in transito.
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Architecting for Genomic Data Security and Compliance in AWS
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Set di dati pubblici su AWS
Accedi a set di dati genomici pubblici gratuitamente attraverso AWS:
The Cancer Genome Atlas (TCGA) Open Data Set »
International Cancer Genome Consortium (ICGC) Open Data Set »
1000 Genomes Project Open Data Set »
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Collaborazione
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Promuovere la collaborazione
Condividi i tuoi dati con tutti i collaboratori, sia nella stanza accanto sia dall'altra parte del mondo. AWS può fornire uno spazio di lavoro centralizzato e condiviso dove tutte le parti coinvolte possono creare set di dati o scrivere algoritmi e creare strumenti, senza dover spostare fisicamente i dati avanti e indietro o temere di violare i diritti sulla proprietà intellettuale.
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Scopri come eseguire i flussi di lavoro di genomica su AWS
Accedi alla nostra guida online per imparare a utilizzare i servizi AWS, tra cui Amazon S3, AWS Step Functions e AWS Batch, oltre a noti orchestratori open source del flusso di lavoro come Cromwell e Nextflow, per eseguire flussi di lavoro di genomica su larga scala su AWS. Sono compresi codice sorgente, documentazione e script pertinenti ora disponibili su GitHub.
Seleziona casi di studio e risorse
Consulta tutti i casi di studio dei clienti di genomica e le risorse relative
Caso di studio Illumina
In questo caso di studio, scopri come Illumina ridimensiona le enormi risorse assegnate alle tecnologie di sequenziamento del DNA con AWS. e come l'Illumina BaseSpace Sequence Hub e lo storage di 10 PB di dati genomici vengono supportati utilizzando prodotti come Amazon RedShift
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