雲端中的基因體

使用 AWS 簡化並安全地擴展您的基因體分析。

AWS 為您提供固有的可擴展性以及為處理敏感資料和工作負載準備的合作夥伴和工具的生態系統。AWS 客戶可以更快獲得基因體洞見以及在現有現場部署基礎設施和雲端之間建立橋樑。

您可以使用 AWS 有效率且動態地存放和運算資料、與同儕合作,合併分析和機器學習,以及將研究結果整合到臨床試驗。   

觀看「全球基因體專家討論雲端的優點」

優勢

加快科學研究的步伐

AWS 可讓基因體客戶從大型、複雜資料中推演出可行的洞見。您不需要預先投入大量時間和金錢來建置和維護基礎設施。AWS 可讓您具有彈性且經濟實惠地近乎即時存取所需的無限資源,且只需要為使用量付費。

確保可擴展性並提供動態資源

在 AWS 上執行基因體分析管道表示您可以有效率地擴展以滿足您的需求,並在需求消失時重新縮減到原來的數量。此外,AWS 還提供補充基因體測試的一些其他定價和運算方式。

自訂和優化工作流程

從建立基因體管道到將基因體研究結果整合到診斷治療模式,AWS 都提供您可運用的廣泛合作夥伴生態系統以自訂和優化工作流程。這個生態系統提供各種彈性選項,讓您可以選擇建立不同的解決方案。 

Cromwell on AWS

AWS 雲端現在支援 Broad Institute 的工作流程管理系統 Cromwell。使用 Cromwell on AWS,研究人員和科學家現在可使用雲端中的運算功能更大彈性地擴展基因體試驗 – 而非搶佔有限的現場部署資源。

基因體使用案例

  • 容器
  • 工作流程管理
  • 大數據分析
  • 資料集
  • 協作
  • 容器
  • 適用基因體管道的容器

    為讓基因體管道更容易分發和執行,您可以封裝處理程序並在 AWS 雲端上執行容器。設定您自己的隨插即用工作流程架構,並根據您的工作流程和研究需要建立特定的環境。使用 Amazon EC2 Container Service (ECS) 或執行 Docker on AWS,您可以將較大的基因體問題分成幾個較小的部分來解決,讓資料輸出可再現,並使資料分享更方便。

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    架構影片

    在此架構影片中,了解 Human Longevity, Inc. 在 AWS 中建立的功能強大的、可重複使用的應用程式管道。觀看他們如何使用在 Docker 容器中執行的自訂分析工具,每天處理 Amazon S3 中高達 12 TB 的原始資料。

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    架構圖

    探索 Human Longevity, Inc. 的詳細架構圖,以利用 Docker on AWS 進行基因體分析

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解 Benchling 如何使用 AWS Lambda 減少 90% 的搜尋時間,並擴展至數百個基因體。 

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  • 工作流程管理
  • 工作流程管理

    為協助您更有效率地管理基因體管道,可以在 AWS 雲端設計工作流程管理規則。撰寫和執行一系列運算或資料操作步驟,並優化任務的並行處理以加速完成時間。

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解貝勒醫學院如何與 DNAnexus 合作將其基因體分析管道移至 AWS 雲端。查看他們如何為需要安全、合規的環境的大型臨床基因體研究提供支援。

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解 DNAnexus 如何建立平台以在 AWS 上進行基因體分析。查看 AWS 基礎設施和 DNAnexus 平台控制與認證過的合規的組合如何使其符合 HIPAA、CAP/CLIA、GxP 及其他隱私法律和法規的嚴格要求。

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  • 大數據分析
  • 基因體的大數據分析

    基因體組織正面臨需要處理基因體管道所產生的龐大資料。為了讓這些資料有更高的可操作性,您可以部署 AWS 元件以支援從資料導入和分析、視覺化、儲存、倉儲和存放的整個分析管道。具有彈性地從各種資料庫服務中選擇以符合您的需要並取得最佳結果。

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    架構影片

    在本架構影片中,觀看 UC Santa Cruz 如何將低成本解決方案與 Docker 容器和 EC2 Spot 執行個體搭配使用來分析 PB 的基因體資料。

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解加州理工學院 Guttman 實驗室如何在 AWS 上利用高效能運算 (HPC) 叢集將基因體運算時間從數週減少到數天。

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解 GENALICE 如何使用 AWS 高效能運算服務在 60 分鐘內處理 800 位病患的完整基因體。

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  • 資料集
  • 使用公有和私有資料集

    使用 AWS,您可以存取自己的私有資料集或是受到管控的存放庫,如美國國家衛生研究院的基因型與表現型資料庫 (dbGaP) 或癌症基因體圖譜 (TCGA) 等。使用自己選擇的工具組 (如 GATK 或 Galaxy) 來分析資料。為了使用這些敏感資料集,AWS 擁有可解決安全和合規需求所需的全部工具,包括加密靜態或傳輸中資料的各種內建功能。

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解西奈山伊坎醫學院如何使用 AWS 分析大量基因體資料集並與外部協作者分享,同時保持嚴格的隱私和安全控制。

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    白皮書

    AWS 中的基因體資料安全和合規架構

    了解如何使用 dbGaP、GWAS 及其他個別層級的基因體研究庫中存取受到控制的資料集

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解 Illumina 如何使用 AWS 來大規模擴展 DNA 定序技術。查看他們如何使用 Amazon RedShift 等產品支援 Illumina BaseSpace Sequence Hub 及存放 10 PB 基因體資料

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  • 協作
  • 促進協作

    無論與您協作的同事是近在咫尺還是遠在天邊,您都可與他們分享資料。AWS 可以提供集中的共用工作區,讓您和同事建立資料集、撰寫演算法或建立各種工具,所有這一切無須實際移動資料或擔心智慧財產權遭到侵害。

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解 ThermoFisher 如何在全球使用 AWS 雲端為客戶提供可擴展且安全的平台,以進行研究、協作和改善病患的療法。

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解 Celgene 如何使用 AWS 在自己的研究員與學術研究實驗室之間進行安全協作,並透過為不同組織中的研究員提供單獨的存取權限來進行團隊合作。

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    客戶案例研究

    在本案例研究中,了解 UC Santa Cruz Genomics Institute 如何使用 AWS 更快速地處理範例並安全地取得協作者的結果。

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透過 AWS 提升精準醫學

透過基因體定序和 IoT 穿戴式裝置等新技術,根據定量特性 (包括基因體、生活方式或環境) 針對個人量身打造的醫療越來越成為可能。查看如何透過 AWS 進行精準醫學計劃。

選取案例研究與資源

檢視所有基因體客戶案例研究相關資源

 

Illumina 案例研究

在本案例研究中,了解 Illumina 如何使用 AWS 來大規模擴展 DNA 定序技術。查看他們如何使用 Amazon RedShift 等產品支援 Illumina BaseSpace Sequence Hub 及存放 10 PB 基因體資料

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Sequence Bio 案例研究

在本案例研究中,了解 Sequence Bio 如何使用 AWS 快速為資料驅動型藥物開發建立安全、可靠的平台。

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Smithsonian 案例研究

在本案例研究中,了解 Smithsonian Institute 資料科學團隊如何根據需要擴展和縮小 AWS 運算執行個體,以允許團隊平行註解基因體,同時也管理成本。

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UC Santa Cruz 案例研究

在本案例研究中,了解 UC Santa Cruz Genomics Institute 如何使用 AWS 高效能運算服務將基因體運算時間從三個月減少到四天,並減少整體成本。

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部落格:Driving momentum in genomics research

AWS 教育部落格:AWS collaborates wtih Broad Institute

了解現在如何在 AWS 雲端上啟用 Cromwell,它是可簡化基因體分析所需的運算任務協調的執行引擎。

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部落格:Deploy Illumina DRAGEN with new quick start

AWS 最新消息:新的快速入門程式可在 AWS 雲端上部署 Illumina DRAGEN。

了解此快速入門程式如何在 AWS 雲端上部署 Dynamic Read Analysis for GENomics Complete Suite (DRAGEN CS),這是 Illumina 推出的資料分析平台,整個過程大約需要 15 分鐘的時間。

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部落格:precision medicine at scale

AWS 運算部落格:Accelerating Precision Medicine at Scale

了解 Edico Genome 如何在 AWS 上使用啟用 FPGA 的應用程式開發創新解決方案以加速基因體分析。

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部落格:Human Longevity, Inc.

AWS 新聞部落格:Changing medicine through genomics research。

了解 Human Longevity, Inc. 如何使用 AWS 存放在革新醫學工作過程中產生的大量資料。

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