リソースとよくある質問

Q: AWS Step Functions と AWS Batch ソリューションを使うゲノミクス二次分析は何をしますか?

A: このソリューションはゲノミクスの二次分析パイプラインを開発、構築、デプロイ、および実行するためのスケーラブルな環境を AWS 内に作成します。ゲノミクスのワークフローおよびその実行をサポートするインフラストラクチャ両方のアップデートを構築、デプロイすることができます。

Q: 独自のゲノミクス分析を実行するためにこのソリューションを変更することはできますか?

A: はい。たとえば、新しいコンテナ化されたツールを追加したり、新しいワークフローを作成したり、特定のニーズに合わせてソリューションを変更できます。変更コントロール管理、ロールバック、監査などを容易にするため、各変更は CI/CD パイプラインによって追跡されます。

Q: どのようなバイオインフォマティクスツールがサポートされていますか?

A: このソリューションでは、コンテナ化されたバイオインフォマティクスツールがサポートされています。公的機関または民間のコンテナイメージリポジトリのソースまたは既存のコンテナ画像から独自に構築するツールもあります。迅速に開始できるようにするため、このソリューションはコンテナ画像として次のオープンソースによるバイオインフォマティクスツールを構築します: BWA–Burrows-Wheeler Genomic シーケンスアライナー、ゲノムアライメントの分析と処理のための SAMtools–ユーティリティ、バリアントコールと VCF および BCF の処理のための BCFtools–ユーティリティ。

Q: このソリューションではどのようなバイオインフォマティクスのワークフローが使用されていますか?

A: このソリューションには AWS Step Functions ステートマシンが含まれ、BWA-MEM、SAMtools、BCFtools を使用するシンプルゲノムバリアントコールワークフローが実装されています。このワークフローは未加工の FASTQ ファイルを、リファレンスシーケンスとアラインし、動的並列処理を使用して、指定した染色体のリストにバリアントを呼び出します。

Q: このソリューションはどこの AWS リージョンでもデプロイできますか?

A: いいえ。このソリューションは AWS CodePipeline サービスを使用します。このサービスは現在、特定の AWS リージョンでのみ提供されています。したがって、このサービスを提供している AWS リージョンでこのソリューションを開始する必要があります。リージョン別の利用状況に関する最新情報は、製品およびサービス一覧 (リージョン別) を参照してください。