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Human Longevity, Inc. – ゲノム研究で医療を変える ゲノム研究の先端をリードする

Human Longevity, Inc. (HLI) は予防衛生を支持する上で、ヒトゲノムおよび関連性を持つ表現型データや臨床データを蓄える世界最大のデータベースを構築したいと考えています。今回のゲスト投稿では、Yaron Turpaz 氏と Bryan Coon 氏、Ashley Van Zeeland 氏が医学に大きな変化をもたらす努力の一端として生成している大量のデータを保存するため、どのように AWS を使用しているのか語ります。 2013 年に Human Longevity, Inc. を設立した当時から、前途に待ち受ける挑戦を認識していました。ゲノムには生命体を形成し維持する上で必要なすべての情報が詰まっています。ヒトにおいては、30 億もの DNA ベースのペアを含むゲノム全体のコピーが核を持つ全細胞に含まれています。我々の目的は 100 万のゲノムを配列し、その情報と関連付けた健康記録や疾病リスクを研究者や医師に提供することです。研究者や医師はデータを解釈して的を絞った個人の健康管理プランや、癌やその他の深刻な健康リスクにおいて最適な治療を従来より遥かにすばやく提供することができます。従来のように症状が出始めてから医師にかかり、病気を診断されてから治療を始めるモデルではなく、予防衛生やリスク予防を発展させることで医療を変えることが我々の目的です。大規模なコンピューティングを開発し適用、ゲノム研究に機械学習を使用するには Illumina のような企業が提供する DNA 配列技術による大量なデータの収集、分析、保存が必要になります。1 つのゲノムからの生データは約 100 ギガバイトを消耗します。注釈や表現型のソースや分析を含むゲノム情報を調整し、健康上の情報を分析するに伴ってこの数字は上昇します。我々が選ぶコンピューティングとストレージ技術が当社の成功に直接影響することは初めから理解していました。ですから、クラウドを使用することは明らかに最適な選択でした。当社はゲノミクスを専門としているので、IT インフラストラクチャの構築や維持にリソースを使用することは希望していません。そこで、プラットフォームの広さや当社が必要とする優れたスケーラビリティ、そしてビッグデータで展開した専門知識を備えている AWS を選ぶことにしました。また、AWS によるイノベーションのペースも考慮しました。利用者のために可能な限りコストを抑える AWS の手の込んだ策略も、当社のビジョンを実現する上で非常に大切なポイントだと考えました。 広範囲にわたる AWS サービスの活用 現在、当社では広範な AWS サービスを使用して様々な種類のコンピューティングタスクやストレージタスクを行っています。たとえば HLI のナレッジベースは Amazon S3 ストレージと多数の Amazon EC2 ノードで構成される分散システムインフラストラクチャを活用しています。これにより、当社がリソースの分離やスケーラビリティ、迅速なプロビジョニング、ペタバイトスケールのデータベースクエリや動的なコホートビルダーに対し、ほぼリアルタイムの応答時間を可能にすることができました。AWS サービスの柔軟性により、当社のカスタマイズした Amazon […]

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Amazon Simple Queue Service の新機能 – 1 回だけの処理と重複排除機能を備えた FIFO キュー

サービスファミリーの本当に最初のメンバーである は、明らかに時の試練を耐え抜きました。2004 年に、私たちはこのサービスを「分散アプリケーションコンポーネント間でメッセージをバッファリングするための、信頼性が高く、非常にスケーラブルなホストキュー」と説明しました。それからというもの、デッドレターキュー、256 KB のペイロード、SNS の統合、ロングポーリング、バッチオペレーション、遅延キュー、タイマー、CloudWatch メトリクス、メッセージ属性といった多くの機能を追加してきました。 新しい FIFO キュー 現在、私たちは FIFO (先入れ先出し) キューのサポートにより、SQS をさらに強力で柔軟性の高いものにしています。この新しいタイプのキューは、現在 2 つのリージョンで導入中で、2017 年初旬に他の多くのリージョンで利用可能にする計画です。このキューは、メッセージが送信順に 1 回だけ、重複なく処理されることを保証するように設計されています。FIFO キューは財務サービスや e コマースのお客様、メッセージを使ってデータベーステーブルを更新しているお客様にとって特に役立つことを期待しています。こうしたお客様の多くは、送信順にメッセージを受信することを前提にしたシステムをお持ちです。FIFO の順序では、メッセージ A を送信した場合、成功の応答を待機してからメッセージ B を送信し、メッセージ B はメッセージ A の後のキューに入れられてから、適切に配信されます。この順序は、複数の SendMessage 呼び出しを並列で実行する場合には適用されません。SendMessageBatch への呼び出し内の個別のメッセージ、および SendMessageBatch への複数の連続した呼び出しの間では適用されません。1 回だけの処理は、単一のコンシューマーおよび複数のコンシューマーシナリオの両方に適用されます。FIFO キューを複数のコンシューマー環境で使用する場合、現在のメッセージが削除されるか、可視性タイムアウトの有効期限が切れた後でのみ、メッセージを他のコンシューマーに表示するようキューを設定できます。このシナリオでは、最大 1 人のコンシューマーがアクティブにメッセージを処理します。他のコンシューマーは、最初のコンシューマーが終了するか失敗するまで待機します。SQS 外部のネットワーキングの問題により、メッセージ送信者がアクションのステータスを確認できず、呼び出しを再試行するために、重複したメッセージが発生する場合があります。FIFO キューは複数の手法を使用して、重複したメッセージを検出し、排除します。コンテンツベースの重複に加えて、 MessageDeduplicationId を、FIFO キューに対して SendMessage を呼び出すときに含めることができます。ID の長さは最大 128 文字で、存在する場合はコンテンツベースの重複排除よりも優先順位が高くなります。FIFO キューに対して SendMessage を呼び出す場合、 MessageGroupId […]

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AWS ホットスタートアップ – 2016 年 11 月 –

AwareLabs、Doctor On Demand、Starling Bank、VigLink 今月も Tina が注目のスタートアップをご紹介します。 今月は、AWS による 4 つのホットスタートアップを取り上げます。 AwareLabs – 小規模ビジネス用の高度なウェブサイト構築サポート Doctor On Demand – 質の高い医療提供者への迅速かつ簡単で費用効率に優れたアクセスの提供 Starling Bank – 次世代のモバイルバンク VigLink – コンテンツ主導型取引の強化 まだお読みになっていない場合は、10 月のホットスタートアップもぜひご覧ください。 AwareLabs (フェニックス/シャーロット) AwareLabs は、3 人の小さいスタートアップ企業で、多数の統合アプリケーションを通して顧客を取り込もうとするビジネスオーナーの支援に重点を置いています。このスタートアップ企業の誕生は 2011 年 11 月です。ウェブサイト構築ガイドとしてスタートし、最初の数週間で数百の起業家を支援しました。早くから、創立者である Paul Kenjora は、既存のビジネスソリューションでは小規模ビジネスの売上が伸びていないことを認識していました。そして 2013 年、ビジネス中心のウェブサイトビルダーを作る仕事を引き受けました。Paul は AWS セミナーへの参加後、小規模なチームでも資金豊富なハイテク企業と同じように、大規模なインフラストラクチャを設計し、デプロイできることに気が付きました。以前であれば、そのようなスケールに対応できるのは、会社規模や投資額の大きい企業だけでした。AwareLabs の支援があれば、時間と予算が制約された小規模企業でも、自分たちが必要とする高度なウェブサイトを構築できます。AwareLabs チームは AWS を利用して、以前の同じ規模のチームには不可能だったことを実現しています。彼らは資金を調達し、顧客に支持されるソリューションをより短期間で提供してきました。AwareLabs では、クライアントのウェブサイトの運用から、セキュリティで保護された自分たちのコードリポジトリの管理にまで、Amazon EC2 を大いに活用しています。また、Amazon S3 によって、データストレージと信頼性に関する負担が大幅に軽減されました。AwareLabs 開発チームがインフラストラクチャの問題ではなくクライアント向け機能を重視してきた唯一最大の理由はこれでした。Amazon […]

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週刊 AWS – 2016 年 11 月 7 日

先週 AWS で起こったことを見ていきましょう。プルリクエストを提出してくださった 17 名の内外の寄稿者に感謝いたします。 月曜日 11 月 7 日 CloudWatch の更新 – メトリクスから関連するログへを発表しました。 AWS で Microsoft Windows を CI/CD するためのクイックスタートリファレンスデプロイメントを公開しました。 ユーザーは組み込まれたサンプルデータを使用して Amazon Kinesis Firehose をテストドライブできることを発表しました。 Amazon RDS for SQL Server が Microsoft SQL Server 2016 をサポートするようになったことを発表しました。 が現実の世界における AWS のスケーラビリティについて投稿しました。 は Amazon ECS で Swift ウェブアプリケーションを実行する方法を説明しました。 はMicrosoft SQL Server Enterprise のワークロードを Amazon RDS に移行するシリーズのパート 1 […]

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ゲノムエンジニアリングのアプリケーション: クラウドを早期導入

オーストラリア連邦科学産業研究機構 (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organization (CSIRO)) から、重要な新しいゲノム編集技術で AWS が活用されている件について寄稿いただきました。– Jeff 最近の分子工学技術ではゲノム編集を正確に行えるようになりました。この CRISPR-Cas9 という新技術は独自の DNA 配列でパターンマッチングを行い、ゲノム内で特定の場所を識別し編集できるようにプログラムすることが可能です。これは研究者にとってパワフルで新しいツールですが、ゲノム全体にわたりターゲットをスキャンし探すということは、これまでにない大規模なコンピューターの使用が必要であることも意味しています。今年始めにアメリカ国立衛生研究所 (US National Institutes of Health (NIH)) はヒトの健康においてこうした技術の使用を承認しました。これはがん治療に革命を起こす可能性を秘め、計算力においてもスピードが重視されることを意味しています。がん治療の新しいアプローチ およそ 5 人に 1 人はがんにかかるといわれている昨今、がん生存率は 2 倍になったといわれていますが、脾臓がんの場合はその確率が 1 % といったように生存率の低い種類のがんはまだあります。その理由は、主に健康な細胞組織に害を加えずに、がん細胞を消滅させる治療的介入を見つけることが困難だからです。従来とは異なる治療法を開発する上で、NIH が新たにトライアル承認した CRISPR-Cas9 はゲノム編集技術において飛躍的な進歩を可能にします。自然にがんと闘う細胞の特異的修飾により、患者は自分の免疫システムを強化させることができます。特定の血液がんや固形がんまたは黒色腫を患う患者を含む、現在行っている研究で幅広い範囲にわたり、この技術は異なる腫瘍に対し効力を発する可能性を持っています。計算に基づいたゲノムエンジニアリングにおけるクラウドサービスヒトの健康を対象としたこの新しいアプリケーションは、臨床ケアの時間的制約に応えるため CRISPR-Cas9 デザインの堅牢性と効率性を必要としています。AWS クラウドサービスをベースにして eHealth プログラム、オーストラリ連邦科学産業研究機構 (CSIRO) は、この問題に取り組むために新型のソフトウェアツール、GT-Scan2 を開発しました。「他の方法に比べて GT-Scan2 は遺伝子位置を高感度かつ特異性をもって特定することができます」と、トランスフォーメーショナルバイオインフォマティクスチームを率いる Dr. Denis Bauer は語っています。 GT-Scan2 はゲノム位置で特定した CRISPR ターゲットの位置を示し、その高アクティビティや低アクティビティを記述するほか、オフターゲットの可能性も表示します。 […]

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週刊 AWS – 2016 年 10 月 31 日

今週の投稿を実現するため、プルリクエストや新しいコンテンツについて内外部 25 名以上の寄稿者にご協力いただきました。皆様からのご協力に感謝申し上げます。 月曜日 10 月 31 日 2016 年 10 月 AWS ホットスタートアップ – Optimizely、Touch Surgery、WittyFeed をご紹介しました。 Amazon Redshift が南米 (サンパウロ) で利用可能になりました。 が 3 つの AWS クイックスタートについてエピソードを公開しました。 が AWS 公共セクターのひと月を振り返る – 10 月を公開しました。 が AWS と TeamCity でのエンドツーエンドの継続的配信およびデプロイパイプラインの構築についてブログを公開しました。 が Amazon RDS for PostgreSQL のトランザクション ID の循環に早期警告システムを実装する方法を公開しました。 Cloud Guru ブログが Amazon Alexa Analytics について投稿しました。 cloudonaut.io […]

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MLB Statcast – David Ortiz、Joe Torre、Dave O’Brien をご紹介

私の同僚に十代の頃からボストンの野球チーム、レッドソックスの大ファンだという人がいます。その彼女が、つい先日レッドソックスの偉大な選手でありハンクアーロン賞も受賞した David Ortiz (別名 “ビッグパピ”) と、殿堂入りした Joe Torre、アナウンサーの Dave O’Brien (ESPN および NESN) と共に、ビッグパピのメジャーリーグ引退を記念した面白いビデオ制作に携わりました。ご覧のようにビッグパピがクオンティファイドセルフをシリアスに受け止め、引退後も競争力が衰えないように AWS を使用した Statcast でさまざまなことを測定しています。 MLB Statcast は高解像度カメラとレーダー装置を使用してボール (20,000 メトリックス/秒) と選手たち (30 メトリックス/秒) の位置をトラックし、1 試合ごとに 7 テラバイトのデータを生成します。そして、これをすべて保存し処理しているのが です。このアプリケーションは 、、、、、、 など複数の AWS サービスを使用しています。アーキテクチャの全体像は次のとおりです。 詳細はこちらのケーススタディ Major League Baseball Fields Big Data, and Excitement, with AWS をご覧ください。 に参加される方は、肩を十分にほぐしてから Statcast 装置万端のバッティングケージにぜひお越しください。メジャーリーグの選手たちと自分の測定比較をすることもできます。

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新機能 – Amazon Simple Email Service (SES) にメトリックスを送信

はメールの到達精度に注目し意図した受信者にメールが無事届くように努めています。以前公開したブログ (Introducing the Amazon Simple Email Service) では、いくつかの要因が到達精度に影響を与える点について説明したほか、複数のインターネットサービスプロバイダー (ISP) との信頼関係や、多数の苦情やバウンスしたメールなどについても取り上げました。 本日、SES 対象の送信メトリックスの新しいセットをリリースしました。この機能には 2 つの側面があります。 イベントストリーム – 重要なイベント (送信、拒否、配信、バウンス、苦情など) が発生するたびに JSON 形式のレコードを に発行するように SES を設定することができます。 メトリックス – にメトリックス集約を発行できるように SES を設定することができます。各メッセージに 1 つまたは複数のタグを追加して CloudWatch ディメンションとして使用することができます。メッセージにタグを追加することで、キャンペーン、チーム、部署に基づいて到達精度をトラッキングできます。この情報はメッセージやメール戦略の微調整に利用できます。 詳しくは のブログ Email Sending Metrics をご覧ください。

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AWS ホットスタートアップ - 2016 年 10 月 – Optimizely、Touch Surgery、WittyFeed

今月も新しいホットスタートアップをご紹介します (Tina Barr からの許可により転載)。 AWS を使用している今月のホットスタートアップをご覧ください。 Optimizely – 世界有名ブランドにウェブとモバイル A/B テストを提供 Touch Surgery – 外科学に携わるコミュニティにテクノロジーを構築 WittyFeed – バイラルコンテンツの作成 Optimizely (サンフランシスコ) Optimizely は有名ブランドにウェブサイトとモバイルの A/B テストやパーソナライズ化を提供、エクスペリエンスの最適化プラットフォームにおいて世界をリードする企業です。使いやすい製品と高速なデプロイを組み合わせたプラットフォームを提供することで、企業がテストを実施したりデータに基づいた判断を下せるようにしています。世界中にわたる何千人もの利用者が Optimizely を使用して、多種多様なチャネルの顧客に優れたエクスペリエンスを提供しています。これまでに Optimizely のユーザーが作成し提供したビジターエクスペリエンスの最適化数は 2750 億件にものぼります。 今日のデジタル世界において、企業は消費者のニーズに合わせるようにパーソナライズ化したエクスペリエンスを提供することが不可欠になっています。Optimizely は 個人化することはすでにオプションではありません。と述べています。同社のウェブをパーソナライズ化する製品は、ブラウザの動作や人口統計データ、文脈上のヒント、ファーストパーティやサードパーティのデータなどを利用することで、企業が顧客にリアルタイムで目的のコンテンツを提供できるようにしています。こうしたポイントは収益の上昇や顧客が戻ってくる理由に上手く作用しています。キャンペーンの結果を知るために分析チームやエンジニアチームに頼る必要はありません。Optimizely は各企業に合わせたテストや意思決定をサポートし業界をリードする統計エンジンを開発しています。Optimizely はさまざまなチャネルに及ぶテスト、対象、パーソナライズ化を可能にするデータインフラストラクチャの主要部分において AWS に大きく依存しています。同社は Amazon S3、Amazon EC2、Amazon EMR、Amazon RDS、Amazon Redshift、Amazon DynamoDB、Amazon ElastiCache などのサービスを使用して、迅速かつ確実にインフラストラクチャをスケールアウトしビジネスの成長をサポートしています。さらに、Optimizely は監査に Amazon Identity and Access Management (IAM) ロール、Amazon Virtual […]

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週刊 AWS – 2016 年 10 月 24 日

AWS にとって今週もまた忙しい 1 週間でした! 本日の投稿には、内外部の 21 名の寄稿者からの投稿に加えて、私の RSS フィード、受信トレイ、および私の身の回りのその他の内容が含まれています。これらをお楽しみいただくには、AWS 関連コンテンツを作成 (または検索) し、プルリクエストを送信してください。 月曜日 10 月 24 日 AWS Server Migration Service を開始しました。 中国 (北京) リージョンで AWS Config を開始しました。 最初の AWS 認定スタディガイドが利用可能になったことを発表しました。 が Amazon ElastiCache for Redis を使用した Hudl のニュースフィードのキャッシュについてブログを公開しました。 が Amazon CloudFront を通じた数百万人のモバイルアプリユーザーへのビデオのストリーミングについてブログを公開しました。 が Amazon Cognito ユーザープール認証フローのカスタマイズ方法についてブログを公開しました。 Werner が Adrian Cockcroft を AWS チームに迎え入れました。 cloudonaut.io […]

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