Amazon Web Services ブログ

Tag: research

AWS Batchを用いた大規模なタンパク質立体構造予測

タンパク質は、体内で重要な役割を果たす巨大な生体分子です。タンパク質の物理的な構造を知ることは、その機能を理解する上で重要な鍵となります。しかし多くの場合、タンパク質の構造を実験的に決定することは困難であり、高額な費用を要します。そこで近年、機械学習アルゴリズムを用いてタンパク質の構造を予測することが検討されています。AlphaFold2 や RoseTTAFold など、複数の著名な研究チームがタンパク質構造予測に関するアルゴリズムを発表しています。彼らの研究は重要なものであり、Science 誌の 2021 Breakthrough of the Year に選ばれました。 AlphaFold2 や RoseTTAFold は、既知のタンパク質のテンプレートを用いて学習させたMultitrack transformer architectureを使用して、未知のペプチド配列の立体構造を予測します。これらの予測は GPU に大きく依存し、完了するまでに数分から数日を要します。予測するための入力には、多重配列アライメント (Multiple sequence alignment; MSA) データが含まれます。MSA 生成のアルゴリズムは CPU に依存し、それ自体で処理に数時間を要することもあります。

Read More

研究者のための10分間チュートリアル集を公開しました

教育・研究事業開発マネージャー澤です。クラウドは研究者と研究を支えるIT基盤に大きなベネフィットをもたらします。使いたい時にすぐに台数を増やせる計算リソース、画期的なデータアナリティクスツール、必要なだけ拡張できるストレージ、世界中のコラボレイターたちとデータを共有したり、共同作業をする基盤としての可能性などがあげられます。クラウドを研究に活用する方法を学ぶには効率よく方法や対象を決めなくては余計な時間がかかる場合がありますので、多忙な研究者にとって効率よくクラウドを学ぶことは重要なことです。 また、研究者がクラウドを使ってやりたいことが、従来のクラウドトレーニングでは通常カバーされていない場合があります。その悩みを解決するためにAWSはTen Minute Tutorials for Research (研究者のための10分間チュートリアル集)をYouTubeのAWSパブリックセクターチャンネルで公開しました。

Read More

大阪大学が主導する量子ソフトウェア研究拠点を AWS が支援

AWS の量子コンピューティングサービスである  Amazon Braket  が発表されて以来、量子技術の基礎を学び、量子コンピューティングの可能性を探索し、ユースケースについてコミュニティの専門家と議論したいというお客様からの声を多く頂いています。 AWS は量子ソフトウェア研究拠点を通じて大阪大学と協力し、企業やアカデミアのお客様へ教育的なコンテンツを提供し、量子技術の潜在的なユースケースを探るお手伝いをしています。 このブログ記事では、AWS が支援している量子ソフトウェア研究拠点など、大阪大学における量子コンピューティングの取り組み概要を紹介します。 2021年9月21日、AWS は量子ソフトウェア研究拠点の量子ソフトウェア勉強会で講義・ハンズオン「Amazon Braket を用いた実機・シミュレータでの開発」 を開催します。 量子ソフトウェア勉強会では、一連の講義を通して量子計算の基礎や量子機械学習、量子化学、数理ファイナンスなどの応用について学ぶことができます。 AWS の講義・ハンズオンには、Amazon Braket で量子コンピュータ実機とシミュレータを使用して量子ゲートとアルゴリズムを実装する方法に関する実践的なワークショップが含まれています。

Read More

研究現場で役立つAWSの無料トレーニングリソース

AWSは多くのセルフラーニングのための教材やトレーニングを無料で提供しています。特に学生・教員向けにはAWS Educateとう学習プログラムがあるのですが、研究にも従事されている学生・教員の中には研究にすぐに役に立つスキルを効率よく学びたいというニーズがあるかと思います。 AWSは、費用対効果が高く、スケーラブルで安全なコンピューティングリソース、ストレージやデータベース機能などを提供することにより、研究者が複雑なワークロードを処理するのを支援し、科学者が成果に到達するまでの時間を短縮します。 例えば、複数の大規模を同時にすばやく分析し、ペタバイト規模のデータを保存し、その結果を世界中の共同研究者と共有することができます。 AWSのリサーチチームが、研究者がクラウドコンピューティングについて効率よく学習できるように、研究者のニーズに合わせた無料のオンデマンドオンラインコースのリストを作成しました。 特に基礎的なクラウドサービスを学びたい研究者や研究現場で働くIT技術者向けに、数百の公開されているオンラインコースからリストを作成しました。 これらのオンラインコースはいつでも学習ができ、クラウドの利用方法を学ぶのに役立ちます。これらのコースは自由に受講することができますのでニーズにあわせて選択して受講するこも可能です。 【研究者向けラーニングパスウェイ:基礎編】 基礎編では、AWSを利用し研究をより効率的に行いたいと考える研究者および研究現場で働くIT技術者向けに設計されています。 適切なストレージを選択する方法、マネージドサービスを使用して負担のかかる作業を削減する方法、およびコンテナとソフトウェアで構成されるインフラストラクチャを使用して研究のやり方を再構築する方法を学びます。 この学習は7時間強で完了でき、コースの長さはそれぞれ5分から3時間です。 ここで説明する順序で必要なコースを完了することをお勧めします。 各コースの説明 ※言語の対応状況は2020年5月27日現在のものです。 AWS Compute Services Overview (5 分、日本語、英語、中国語、韓国語): このコースでは、アプリケーションのニーズに合った方法で、クラウドで一連の処理ができる仕組みを構築し実行できるようにするAWSコンピューティングサービスの概要について説明します。 Introduction to AWS Batch (15 分、英語のみ): このコースでは、フルマネージドのバッチ処理サービスであるAWS Batchについて説明します。 また、AWS Batchの背後にあるオペレーションの理論についても説明し、その概念を理解し、AWS Batchのデモを紹介します。 Introduction to Containers (15 分、日本語、英語):このコースは、コンテナについてほとんど知らない方向けに設計された入門コースです。 コンテナ化の背後にある歴史と概念を学び、コンテナエコシステム内で使用される特定のテクノロジーの概要を示し、マイクロサービスアーキテクチャにおけるコンテナの重要性について説明します。 Amazon Elastic Kubernetes Service (Amazon EKS) Primer (1 時間、日本語、英語):このコースでは、Amazon EKSの基本を学びます。 Amazon EKSと補足サービスを使用したAWSでのコンテナの実装、およびEKSでの通信と管理について学習します。 AWS Storage Offerings (1 時間40分、英語のみ):このコースは、複数のAWSストレージサービスの違いを区別し、データへのアクセスを必要とするアプリケーションに適切なストレージオプションを検討するのに役立ちます。 […]

Read More